samtools sort SRR35899${i}.bam -o SRR35899${i}_sorted.bam为什么输出的bam文件是乱码的

如果您使用了 `samtools sort` 命令，但是输出的BAM文件是乱码的，可能是因为您的终端不支持二进制文件的显示，或者是您在查看BAM文件时使用了错误的命令。

BAM文件是二进制文件，包含了大量的字节数据，因此在终端中直接查看BAM文件可能会导致乱码。如果您需要查看BAM文件的内容，可以使用samtools中的`samtools view`命令，该命令可以将BAM文件转换为文本格式输出。以下是使用`samtools view`命令查看BAM文件的示例命令：

samtools view SRR35899${i}_sorted.bam

如果您仍然遇到问题，请检查您的命令是否正确，或者尝试在其他终端中查看BAM文件。

相关问题

EOF marker is absent. The input is probably truncated. [bam_header_read] invalid BAM binary header (this is not a BAM file). zsh: segmentation fault samtools sort -o '/mnt/hgfs/H/DATA/RNAseq_analysis/sorted.bam' out.bam

这个错误通常是因为输入的文件不是正确的BAM格式文件，或者文件已经损坏，导致无法解析BAM头部信息。建议您检查一下输入的文件是否正确，并确保文件完整无损。您可以尝试重新下载或者重新生成输入文件，然后再次运行samtools sort命令进行排序。

另外，也可以尝试使用samtools view命令查看一下输入文件的内容，以确认文件是否正确。例如，可以使用以下命令查看输入文件的前10行：

samtools view -h out.bam | head -n 10

如果该命令可以正常执行并输出前10行内容，则说明输入文件格式正确，否则可能是输入文件有问题。

EOF marker is absent. The input is probably truncated. [bam_header_read] invalid BAM binary header (this is not a BAM file). zsh: segmentation fault samtools sort -o '/mnt/hgfs/H/DATA/RNAseq_analysis/sorted.bam' out.bam报错解决办法

这个错误通常是因为输入的文件不是正确的BAM格式文件，或者文件已经损坏，导致无法解析BAM头部信息。建议您检查一下输入的文件是否正确，并确保文件完整无损。您可以尝试重新下载或者重新生成输入文件，然后再次运行samtools sort命令进行排序。

另外，也可以尝试使用samtools view命令查看一下输入文件的内容，以确认文件是否正确。例如，可以使用以下命令查看输入文件的前10行：

samtools view -h out.bam | head -n 10

如果该命令可以正常执行并输出前10行内容，则说明输入文件格式正确，否则可能是输入文件有问题。

如果您确认输入文件正确无误后，仍然无法解决问题，可以尝试使用其他的BAM处理工具，或者检查一下您的系统环境是否正确。