samtools sort SRR35899${i}.bam -o SRR35899${i}_sorted.bam为什么输出的bam文件是乱码的
时间: 2024-03-24 15:40:30 浏览: 262
fxtools:fxtools
如果您使用了 `samtools sort` 命令,但是输出的BAM文件是乱码的,可能是因为您的终端不支持二进制文件的显示,或者是您在查看BAM文件时使用了错误的命令。
BAM文件是二进制文件,包含了大量的字节数据,因此在终端中直接查看BAM文件可能会导致乱码。如果您需要查看BAM文件的内容,可以使用samtools中的`samtools view`命令,该命令可以将BAM文件转换为文本格式输出。以下是使用`samtools view`命令查看BAM文件的示例命令:
```
samtools view SRR35899${i}_sorted.bam
```
如果您仍然遇到问题,请检查您的命令是否正确,或者尝试在其他终端中查看BAM文件。
阅读全文