[root@192 samtools-1.17]# ./configure checking for gawk... gawk checking for gcc... gcc checking whether the C compiler works... yes checking for C compiler default output file name... a.out checking for suffix of executables... checking whether we are cross compiling... no checking for suffix of object files... o checking whether we are using the GNU C compiler... yes checking whether gcc accepts -g... yes checking for gcc option to accept ISO C89... none needed checking for grep that handles long lines and -e... /usr/bin/grep checking for C compiler warning flags... -Wall checking for special C compiler options needed for large files... no checking for _FILE_OFFSET_BITS value needed for large files... no checking location of HTSlib source tree... htslib-1.17 checking for NcursesW wide-character library... yes checking for working ncursesw/curses.h... yes checking for library containing cbreak... none required checking for zlib.h... no checking for inflate in -lz... no configure: error: zlib development files not found

根据你提供的信息，编译 `samtools-1.17` 时出现了错误。错误信息显示缺少 zlib 的开发文件。

在 CentOS 7 上安装 zlib 的开发文件，可以使用以下命令：

sudo yum install zlib-devel

然后重新运行 `./configure` 命令进行配置和编译。如果还有其他缺少的依赖项，也可以通过相应的包名在系统中安装它们。

注意：你可能需要具有管理员权限（使用 `sudo`）来执行安装命令。

相关问题

用Liunx源代码下载samtools时报错configure: error: expected an absolute directory name for --prefix: ./samtoolslocation

当你在Linux上尝试使用源码包安装samtools时，遇到`configure: error: expected an absolute directory name for --prefix: ./samtoolslocation`这个错误，它意味着在配置过程（通常通过运行`./configure`命令）中，`--prefix`选项指定了安装位置，但是提供的路径不是一个绝对路径。

`--prefix`选项用于指定程序将被安装到系统的哪个位置，比如 `/usr/local` 或自定义目录。然而，这里给的是 `./samtoolslocation`，这表示从当前目录下的 `samtoolslocation` 文件夹开始，不是绝对路径。

解决这个问题的方法是提供一个绝对路径。例如，如果你想安装到默认的系统位置，可以使用：

./configure --prefix=/usr/local

如果你有一个特定的自定义目录，确保使用 `/your/custom/directory` 替换上面的路径。

如果`./samtoolslocation`是你想要的安装位置，那么应该先切换到包含samtools源文件的那个目录，然后再运行 configure 命令：

cd /path/to/samtools/source
./configure --prefix=./samtoolslocation

确认你有足够的权限访问并创建这个目录，然后继续安装流程。

samtools fastq -@ 8 -f 4 /1/20230314_Jinan_Respiratory_tract/002_Hisat2/Part1_Ma/QL21JS702543-1R-1L-UDB-141_UDB-141/QL21JS702543-1R-1L-UDB-141_UDB-141.sam -0 /1/20230314_Jinan_Respiratory_tract/002_Hisat2/Part1_Ma/QL21JS702543-1R-1L-UDB-141_UDB-141/QL21JS702543-1R-1L-UDB-141_UDB-141.fq.gz里-0是啥

在命令samtools fastq中，选项-0指定生成的FASTQ文件的输出路径和名称。在这个命令中，指定的输出路径和名称为"/1/20230314_Jinan_Respiratory_tract/002_Hisat2/Part1_Ma/QL21JS702543-1R-1L-UDB-141_UDB-141/QL21JS702543-1R-1L-UDB-141_UDB-141.fq.gz"。因此，-0参数告诉samtools fastq将生成的FASTQ文件输出到指定的路径和名称。