[root@192 samtools-1.17]# ./configure checking for gawk... gawk checking for gcc... gcc checking whether the C compiler works... yes checking for C compiler default output file name... a.out checking for suffix of executables... checking whether we are cross compiling... no checking for suffix of object files... o checking whether we are using the GNU C compiler... yes checking whether gcc accepts -g... yes checking for gcc option to accept ISO C89... none needed checking for grep that handles long lines and -e... /usr/bin/grep checking for C compiler warning flags... -Wall checking for special C compiler options needed for large files... no checking for _FILE_OFFSET_BITS value needed for large files... no checking location of HTSlib source tree... htslib-1.17 checking for NcursesW wide-character library... yes checking for working ncursesw/curses.h... yes checking for library containing cbreak... none required checking for zlib.h... no checking for inflate in -lz... no configure: error: zlib development files not found

时间: 2023-12-22 10:31:33 浏览: 110
根据你提供的信息,编译 `samtools-1.17` 时出现了错误。错误信息显示缺少 zlib 的开发文件。 在 CentOS 7 上安装 zlib 的开发文件,可以使用以下命令: ``` sudo yum install zlib-devel ``` 然后重新运行 `./configure` 命令进行配置和编译。如果还有其他缺少的依赖项,也可以通过相应的包名在系统中安装它们。 注意:你可能需要具有管理员权限(使用 `sudo`)来执行安装命令。
相关问题

samtools fastq -@ 8 -f 4 /1/20230314_Jinan_Respiratory_tract/002_Hisat2/Part1_Ma/QL21JS702543-1R-1L-UDB-141_UDB-141/QL21JS702543-1R-1L-UDB-141_UDB-141.sam -0 /1/20230314_Jinan_Respiratory_tract/002_Hisat2/Part1_Ma/QL21JS702543-1R-1L-UDB-141_UDB-141/QL21JS702543-1R-1L-UDB-141_UDB-141.fq.gz解释一下这段代码

这段代码使用 samtools 工具将 SAM 格式的比对结果转换为 FASTQ 格式的测序数据并压缩为 gzip 格式。 具体解释如下: - samtools:samtools 工具,可以进行 SAM/BAM 格式文件的处理和转换。 - fastq:将 SAM 格式文件转换为 FASTQ 格式文件。 - -@ 8:使用 8 个线程并行处理。 - -f 4:过滤出比对结果 flag 中第 3 位为 1 的序列(表示该序列比对到参考基因组上的反向互补链上)。 - /1/20230314_Jinan_Respiratory_tract/002_Hisat2/Part1_Ma/QL21JS702543-1R-1L-UDB-141_UDB-141.sam:输入的 SAM 格式文件路径。 - -0 /1/20230314_Jinan_Respiratory_tract/002_Hisat2/Part1_Ma/QL21JS702543-1R-1L-UDB-141_UDB-141/QL21JS702543-1R-1L-UDB-141_UDB-141.fq.gz:输出的 FASTQ 格式文件路径,使用 gzip 压缩。 综上,这段代码的作用是将指定路径下的 SAM 格式文件中的反向互补链序列提取并转换为 FASTQ 格式文件,方便后续的序列分析和处理。

EOF marker is absent. The input is probably truncated. [bam_header_read] invalid BAM binary header (this is not a BAM file). zsh: segmentation fault samtools sort -o '/mnt/hgfs/H/DATA/RNAseq_analysis/sorted.bam' out.bam

这个错误通常是因为输入的文件不是正确的BAM格式文件,或者文件已经损坏,导致无法解析BAM头部信息。建议您检查一下输入的文件是否正确,并确保文件完整无损。您可以尝试重新下载或者重新生成输入文件,然后再次运行samtools sort命令进行排序。 另外,也可以尝试使用samtools view命令查看一下输入文件的内容,以确认文件是否正确。例如,可以使用以下命令查看输入文件的前10行: ``` samtools view -h out.bam | head -n 10 ``` 如果该命令可以正常执行并输出前10行内容,则说明输入文件格式正确,否则可能是输入文件有问题。

相关推荐

使用GATK的combinegvcf模块合并gvcf文件,可是到了这一步Using GATK jar /stor9000/apps/users/NWSUAF/2022050434/biosoft/gatk4.3/gatk-4.3.0.0/gatk-package-4.3.0.0-local.jar Running: java -Dsamjdk.use_async_io_read_samtools=false -Dsamjdk.use_async_io_write_samtools=true -Dsamjdk.use_async_io_write_tribble=false -Dsamjdk.compression_level=2 -jar /stor9000/apps/users/NWSUAF/2022050434/biosoft/gatk4.3/gatk-4.3.0.0/gatk-package-4.3.0.0-local.jar CombineGVCFs -R /stor9000/apps/users/NWSUAF/2008115251/genomes/ARS-UCD1.2_Btau5.0.1Y.fa --variant /stor9000/apps/users/NWSUAF/2020055419/home/xncattle/03.GVCF/01_out_GVCF/XN_22/1_XN_22.g.vcf.gz --variant /stor9000/apps/users/NWSUAF/2020055419/home/xncattle/03.GVCF/01_out_GVCF/XN_18/1_XN_18.g.vcf.gz -O /stor9000/apps/users/NWSUAF/2022050469/candy/bwa/gatk/Combine/chr1.g.vcf.gz 09:10:40.524 INFO NativeLibraryLoader - Loading libgkl_compression.so from jar:file:/stor9000/apps/users/NWSUAF/2022050434/biosoft/gatk4.3/gatk-4.3.0.0/gatk-package-4.3.0.0-local.jar!/com/intel/gkl/native/libgkl_compression.so 09:10:50.696 INFO CombineGVCFs - ------------------------------------------------------------ 09:10:50.697 INFO CombineGVCFs - The Genome Analysis Toolkit (GATK) v4.3.0.0 09:10:50.697 INFO CombineGVCFs - For support and documentation go to https://software.broadinstitute.org/gatk/ 09:10:50.698 INFO CombineGVCFs - Executing as 2022050469@node54 on Linux v3.10.0-1127.el7.x86_64 amd64 09:10:50.698 INFO CombineGVCFs - Java runtime: Java HotSpot(TM) 64-Bit Server VM v1.8.0_72-b15 09:10:50.698 INFO CombineGVCFs - Start Date/Time: July 21, 2023 9:10:40 AM CST 09:10:50.698 INFO CombineGVCFs - ------------------------------------------------------------ 09:10:50.698 INFO CombineGVCFs - ------------------------------------------------------------ 09:10:50.698 INFO CombineGVCFs - HTSJDK Version: 3.0.1 09:10:50.699 INFO CombineGVCFs - Picard Version: 2.27.5 09:10:50.699 INFO CombineGVCFs - Built for Spark Version: 2.4.5 09:10:50.699 INFO CombineGVCFs - HTSJDK Defaults.COMPRESSION_LEVEL : 2 09:10:50.699 INFO CombineGVCFs - HTSJDK Defa就停止了,没有输出文件,也没有报错文件

解释以下shell代码每行的意义echo "××××××欢迎使用字符串匹配系统×××××" while : do echo " ××××××××××××××××××" echo " × 请选择功能" × echo " × 0.检查程序功能"× echo " × 1.字符串匹配" × echo " × 2.排 序" × echo " × 3.查 找" × echo " × 4.数据可视化" × echo " × 5.退 出" × echo " ××××××××××××××××××" read -rsN1 number case $number in 0) sudo apt-get install bowtie2 sudo apt-get install dos2unix sudo apt-get install samtools ;; 1) dos2unix ref.fa dos2unix reads1.fq bowtie2-build ref.fa ref bowtie2 -x ref -U reads1.fq -S result1.sam echo "匹配完成" echo "匹配结果存入result1.sam" ;; 2) declare -a y1 declare -a y2 declare -a y3 y1=(awk '{print $1}' result1.sam) y2=(awk '{print $4}' result1.sam) y3=(awk '{print $10}' result1.sam) length=0 length=${#y1[@]} for((i=0;i<length;i++));do { echo "${y1[i+3]} ${y2[i+1]} ${y3[i]}">>result1.txt } done sort -n -k 2 -t " " result1.txt>>result2.txt #将result.txt以第二列排序,输出存储到result2.txt grep -v ' 0 ' result2.txt >> result3.txt #排除匹配结果为0的结果并保存在result3.txt里 echo "排序完成!结果已经放在result3.txt里面" ;; 3)echo "请输入查找的左/右边界" read l1 r1 cat result1.txt | awk '{if($2>='$l1'&&$2<='$r1'){print $0>"result.txt"}}' echo "查找结果已经放在了resuyt.txt文件里。" ;; 4) echo "数据可视化" samtools view -bS result1.sam > result1.bam #sam文件转换为bam格式 samtools sort result1.bam result1.sort #对bam文件进行排序 samtools index result1.sorted.bam #创建bai索引 samtools tview result1.sort.bam ref.fa #可视化界面展示 ;; 5)echo "你已安全退出,欢迎下次使用!" exit 0 ;; esac done

最新推荐

recommend-type

Java实战项目——基于ssh实现的博客系统(毕业设计)(前后端源码+论文+数据库+说明文档)25.zip

ava实现的毕业设计&&课程设计(包含运行文档+数据库+前后端代码),可运行高分资源 Java实现的毕业设计&&课程设计(包含运行文档+数据库+前后端代码),Java实现的毕业设计&&课程设计(包含运行文档+数据库+前后端代码),Java实现的毕业设计&&课程设计(包含运行文档+数据库+前后端代码),Java实现的毕业设计&&课程设计(包含运行文档+数据库+前后端代码),Java实现的毕业设计&&课程设计(包含运行文档+数据库+前后端代码),Java实现的毕业设计&&课程设计(包含运行文档+数据库+前后端代码),Java实现的毕业设计&&课程设计(包含运行文档+数据库+前后端代码),Java实现的毕业设计&&课程设计(包含运行文档+数据库+前后端代码),Java实现的毕业设计&&课程设计(包含运行文档+数据库+前后端代码),Java实现的毕业设计&&课程设计(包含运行文档+数据库+前后端代码),Java实现的毕业设计&&课程设计(包含运行文档+数据库+前后端代码),Java实现的毕业设计&&课程设计(包含运行文档+数据库+前后端代码),Java实现的毕业设计&&课程设计(包含运行文档+数据库+前后端代码),Java实现的毕业设计&&课程设计(包含运行文档+数据库+前后端代码),Java实现的毕业设计&&课程设计(包含运行文档+数据库+前后端代码),Java实现的毕业设计&&课程设计(包含运行文档+数据库+前后端代码),Java实现的毕业设计&&课程设计(包含运行文档+数据库+前后端代码),Java实现的毕业设计&&课程设计(包含运行文档+数据库+前后端代码),Java实现的毕业设计&&课程设计(包含运行文档+数据库+前后端代码),Java实现的毕业设计&&课程设计(包含运行文档+数据库+前后端代码),Java实现的毕业设计&&课程设计(包含运行文档+数据库+前后端代码),Java实现的毕业设计&&课程设计(包含运行文档+数据库+前后端代码),Java实现的毕业设计&&课程设计(包含运行文档+数据库+前后端代码),Java实现的毕业设计&&课程设计(包含运行文档+数据库+前后端代码),Java实现的毕业设计&&课程设计(包含运行文档+数据库+前后端代码),Java实现的毕业设计&&课程设计(包含运行文档+数据库+前后端代码),Java实现的毕业设计&&课程设计(包含运行文档+数据库+前后端代码),Java实现的毕业设计&&课程设计(包含运行文档+数据库+前后端代码),Java实现的毕业设计&&课程设计(包含运行文档+数据库+前后端代码),Java实现的毕业设计&&课程设计(包含运行文档+数据库+前后端代码),Java实现的毕业设计&&课程设计(包含运行文档+数据库+前后端代码),Java实现的毕业设计&&课程设计(包含运行文档+数据库+前后端代码),Java实现的毕业设计&&课程设计(包含运行文档+数据库+前后端代码),Java实现的毕业设计&&课程设计(包含运行文档+数据库+前后端代码),Java实现的毕业设计&&课程设计(包含运行文档+数据库+前后端代码),Java实现的毕业设计&&课程设计(包含运行文档+数据库+前后端代码),Java实现的毕业设计&&课程设计(包含运行文档+数据库+前后端代码),Java实现的毕业设计&&课程设计(包含运行文档+数据库+前后端代码),Java实现的毕业设计&&课程设计(包含运行文档+数据库+前后端代码),Java实现的毕业设计&&课程设计(包含运行文档+数据库+前后端代码),Java实现的毕业设计&&课程设计(包含运行文档+数据库+前后端代码),Java实现的毕业设计&&课程设计(包含运行文档+数据库+前后端代码),Java实现的毕业设计&&课程设计(包含运行文档+数据库+前后端代码),Java实现的毕业设计&&课程设计(包含运行文档+数据库+前后端代码),Java实现的毕业设计&&课程设计(包含运行文档+数据库+前后端代码),Java实现的毕业设计&&课程设计(包含运行文档+数据库+前后端代码),Java实现的毕业设计&&课程设计(包含运行文档+数据库+前后端代码),Java实现的毕业设计&&课程设计(包含运行文档+数据库+前后端代码),Java实现的毕业设计&&课程设计(包含运行文档+数据库+前后端代码),Java实现的毕业设计&&课程设计(包含运行文档+数据库+前后端代码),Java实现的毕业设计&&课程设计(包含运行文档+数据库+前后端代码),Java实现的毕业设计&&课程设计(包含运行文档+数据库+前后端代码),Java实现的毕业设计&&课程设计(包含运行文档+数据库+前后端代码),Java实现的毕业设计&&课程设计(包含运行文档+数据库+前后端代码),Java实现
recommend-type

保险服务门店新年工作计划PPT.pptx

在保险服务门店新年工作计划PPT中,包含了五个核心模块:市场调研与目标设定、服务策略制定、营销与推广策略、门店形象与环境优化以及服务质量监控与提升。以下是每个模块的关键知识点: 1. **市场调研与目标设定** - **了解市场**:通过收集和分析当地保险市场的数据,包括产品种类、价格、市场需求趋势等,以便准确把握市场动态。 - **竞争对手分析**:研究竞争对手的产品特性、优势和劣势,以及市场份额,以进行精准定位和制定有针对性的竞争策略。 - **目标客户群体定义**:根据市场需求和竞争情况,明确服务对象,设定明确的服务目标,如销售额和客户满意度指标。 2. **服务策略制定** - **服务计划制定**:基于市场需求定制服务内容,如咨询、报价、理赔协助等,并规划服务时间表,保证服务流程的有序执行。 - **员工素质提升**:通过专业培训提升员工业务能力和服务意识,优化服务流程,提高服务效率。 - **服务环节管理**:细化服务流程,明确责任,确保服务质量和效率,强化各环节之间的衔接。 3. **营销与推广策略** - **节日营销活动**:根据节庆制定吸引人的活动方案,如新春送福、夏日促销,增加销售机会。 - **会员营销**:针对会员客户实施积分兑换、优惠券等策略,增强客户忠诚度。 4. **门店形象与环境优化** - **环境设计**:优化门店外观和内部布局,营造舒适、专业的服务氛围。 - **客户服务便利性**:简化服务手续和所需材料,提升客户的体验感。 5. **服务质量监控与提升** - **定期评估**:持续监控服务质量,发现问题后及时调整和改进,确保服务质量的持续提升。 - **流程改进**:根据评估结果不断优化服务流程,减少等待时间,提高客户满意度。 这份PPT旨在帮助保险服务门店在新的一年里制定出有针对性的工作计划,通过科学的策略和细致的执行,实现业绩增长和客户满意度的双重提升。
recommend-type

管理建模和仿真的文件

管理Boualem Benatallah引用此版本:布阿利姆·贝纳塔拉。管理建模和仿真。约瑟夫-傅立叶大学-格勒诺布尔第一大学,1996年。法语。NNT:电话:00345357HAL ID:电话:00345357https://theses.hal.science/tel-003453572008年12月9日提交HAL是一个多学科的开放存取档案馆,用于存放和传播科学研究论文,无论它们是否被公开。论文可以来自法国或国外的教学和研究机构,也可以来自公共或私人研究中心。L’archive ouverte pluridisciplinaire
recommend-type

MATLAB图像去噪最佳实践总结:经验分享与实用建议,提升去噪效果

![MATLAB图像去噪最佳实践总结:经验分享与实用建议,提升去噪效果](https://img-blog.csdnimg.cn/d3bd9b393741416db31ac80314e6292a.png) # 1. 图像去噪基础 图像去噪旨在从图像中去除噪声,提升图像质量。图像噪声通常由传感器、传输或处理过程中的干扰引起。了解图像噪声的类型和特性对于选择合适的去噪算法至关重要。 **1.1 噪声类型** * **高斯噪声:**具有正态分布的加性噪声,通常由传感器热噪声引起。 * **椒盐噪声:**随机分布的孤立像素,值要么为最大值(白色噪声),要么为最小值(黑色噪声)。 * **脉冲噪声
recommend-type

InputStream in = Resources.getResourceAsStream

`Resources.getResourceAsStream`是MyBatis框架中的一个方法,用于获取资源文件的输入流。它通常用于加载MyBatis配置文件或映射文件。 以下是一个示例代码,演示如何使用`Resources.getResourceAsStream`方法获取资源文件的输入流: ```java import org.apache.ibatis.io.Resources; import java.io.InputStream; public class Example { public static void main(String[] args) {
recommend-type

车辆安全工作计划PPT.pptx

"车辆安全工作计划PPT.pptx" 这篇文档主要围绕车辆安全工作计划展开,涵盖了多个关键领域,旨在提升车辆安全性能,降低交通事故发生率,以及加强驾驶员的安全教育和交通设施的完善。 首先,工作目标是确保车辆结构安全。这涉及到车辆设计和材料选择,以增强车辆的结构强度和耐久性,从而减少因结构问题导致的损坏和事故。同时,通过采用先进的电子控制和安全技术,提升车辆的主动和被动安全性能,例如防抱死刹车系统(ABS)、电子稳定程序(ESP)等,可以显著提高行驶安全性。 其次,工作内容强调了建立和完善车辆安全管理体系。这包括制定车辆安全管理制度,明确各级安全管理责任,以及确立安全管理的指导思想和基本原则。同时,需要建立安全管理体系,涵盖安全组织、安全制度、安全培训和安全检查等,确保安全管理工作的系统性和规范性。 再者,加强驾驶员安全培训是另一项重要任务。通过培训提高驾驶员的安全意识和技能水平,使他们更加重视安全行车,了解并遵守交通规则。培训内容不仅包括交通法规,还涉及安全驾驶技能和应急处置能力,以应对可能发生的突发情况。 此外,文档还提到了严格遵守交通规则的重要性。这需要通过宣传和执法来强化,以降低由于违反交通规则造成的交通事故。同时,优化道路交通设施,如改善交通标志、标线和信号灯,可以提高道路通行效率,进一步增强道路安全性。 在实际操作层面,工作计划中提到了车辆定期检查的必要性,包括对刹车、转向、悬挂、灯光、燃油和电器系统的检查,以及根据车辆使用情况制定检查计划。每次检查后应记录问题并及时处理,以确保车辆始终处于良好状态。 最后,建立车辆安全信息管理系统也是关键。通过对车辆事故和故障情况进行记录和分析,可以为安全管理提供数据支持,以便及时发现问题,预防潜在风险,并对事故进行有效处理和责任追究。 这份车辆安全工作计划全面覆盖了从车辆本身到驾驶员行为,再到道路环境的诸多方面,旨在构建一个全方位、多层次的车辆安全管理体系,以降低交通事故风险,保障道路交通安全。
recommend-type

"互动学习:行动中的多样性与论文攻读经历"

多样性她- 事实上SCI NCES你的时间表ECOLEDO C Tora SC和NCESPOUR l’Ingén学习互动,互动学习以行动为中心的强化学习学会互动,互动学习,以行动为中心的强化学习计算机科学博士论文于2021年9月28日在Villeneuve d'Asq公开支持马修·瑟林评审团主席法布里斯·勒菲弗尔阿维尼翁大学教授论文指导奥利维尔·皮耶昆谷歌研究教授:智囊团论文联合主任菲利普·普雷教授,大学。里尔/CRISTAL/因里亚报告员奥利维耶·西格德索邦大学报告员卢多维奇·德诺耶教授,Facebook /索邦大学审查员越南圣迈IMT Atlantic高级讲师邀请弗洛里安·斯特鲁布博士,Deepmind对于那些及时看到自己错误的人...3谢谢你首先,我要感谢我的两位博士生导师Olivier和Philippe。奥利维尔,"站在巨人的肩膀上"这句话对你来说完全有意义了。从科学上讲,你知道在这篇论文的(许多)错误中,你是我可以依
recommend-type

MATLAB图像去噪行业应用:从医疗到遥感,解锁图像去噪的无限潜力

![MATLAB图像去噪行业应用:从医疗到遥感,解锁图像去噪的无限潜力](https://img-blog.csdnimg.cn/img_convert/3aa5d0402a313c17c3c9ffa85b40f683.png) # 1. MATLAB图像去噪概述 **1.1 图像去噪的重要性** 图像去噪是图像处理中一项至关重要的任务,它旨在从图像中去除不需要的噪声,从而提高图像的质量和可理解性。图像噪声可能来自各种来源,如传感器缺陷、环境干扰和数据传输错误。 **1.2 MATLAB图像去噪的优势** MATLAB是一个强大的技术计算环境,提供了一系列图像去噪算法和工具。MATLA
recommend-type

使用pyrhon编写mapreduce

MapReduce是一种用于处理大规模数据集的编程模型和算法。它通常用于分布式计算环境中,可以高效地处理大量数据并实现并行计算。在Python中,我们可以使用Hadoop Streaming来编写MapReduce程序。 下面是使用Python编写MapReduce的基本步骤: 1. Map阶段: - 编写一个mapper函数,该函数接收输入数据并将其转换为键值对的形式。 - 使用标准输入(sys.stdin)读取输入数据,并使用标准输出(sys.stdout)输出键值对。 2. Reduce阶段: - 编写一个reducer函数,该函数接收来自mapper函数输出的键
recommend-type

ipqc工作总结PPT.pptx

"这是一份关于IPQC(在制品质量控制)的工作总结PPT,涵盖了IPQC的角色定义、工作总结、质量月报、质量提升计划、团队发展计划以及未来展望。" IPQC,全称为InProcess Quality Control,在制品质量控制,是制造过程中至关重要的一个环节。IPQC的主要职责在于通过抽检和检验在制品,确保生产出的产品符合预设的质量标准和客户期望。他们的工作包括但不限于: 1. **质量检验与控制**:对在制品进行定期抽样检验,以确认产品质量是否达标。 2. **环境与设备监控**:检查生产现场的环境条件和设备运行状态,确保符合生产要求。 3. **关键控制点检查**:在生产的关键阶段进行严格检查,及时发现问题。 4. **不合格品管理**:对不合格品进行标识、隔离,并追踪问题的解决过程。 5. **制定检验计划**:根据生产计划和产品标准,制定相应的检验程序和标准。 6. **数据收集与分析**:记录检验数据,通过分析找出潜在问题,提出改善建议。 在工作总结部分,IPQC强调了实时监控生产过程,确保每个环节都符合质量标准。他们定期抽检产品,快速反馈问题,并进行异常分析与改进,防止问题重复出现。此外,IPQC还负责对新员工进行培训,提高团队协作和管理,以提升整体工作效率和质量水平。 在IPQC质量月报中,提到了质量目标的达成情况。虽然目标完成率达到了98%,但仍有2%的差距,主要是由于员工操作失误和质量监控不足造成的。为了改进,IPQC计划加强员工培训,提高操作技能,增强质量意识,并增加检查频率,以更严格地控制产品质量。 对于未来的展望,IPQC可能会进一步强化团队建设,优化工作流程,持续提升产品质量,以达到更高的客户满意度。团队发展计划可能包括更系统的员工培训、更高效的沟通机制以及更有激励性的管理策略。 这份PPT详细呈现了IPQC在确保产品质量、处理异常情况、提高团队绩效等方面的工作内容和挑战,同时也展现了IPQC团队对质量提升和团队发展的持续关注和努力。