写一个替换fasta id
时间: 2023-07-18 11:45:38 浏览: 85
好的,以下是一个 Python 代码示例,可以替换 FASTA 文件中的 ID:
```python
def rename_fasta(fasta_file, id_prefix):
"""
用给定的前缀替换 FASTA 文件中的 ID。
:param fasta_file: FASTA 文件名
:param id_prefix: 新的 ID 前缀
:return: 无返回值
"""
with open(fasta_file, 'r') as f:
lines = f.readlines()
new_lines = []
for line in lines:
if line.startswith('>'):
# 替换 ID
line = '>' + id_prefix + line[1:]
new_lines.append(line)
with open(fasta_file, 'w') as f:
f.writelines(new_lines)
```
在调用此函数时,需要提供 FASTA 文件名和新的 ID 前缀。如下所示:
```python
fasta_file = 'example.fasta'
new_prefix = 'new_id_prefix'
rename_fasta(fasta_file, new_prefix)
```
这将会将 `example.fasta` 文件中的所有 ID 替换为以 `new_id_prefix` 开头的新 ID。
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