用python替换fasta文件的id 读取txt文件里的

好的，我理解了你的需求。你可以使用Python中的Bio模块来读取和处理fasta文件，使用正则表达式来替换fasta文件中的id。具体步骤如下：

1.安装Biopython模块：在命令行中输入`pip install biopython`即可。

2.导入Bio模块：在Python脚本中导入Bio模块，代码如下：

from Bio import SeqIO
import re

3.读取fasta文件：使用Bio模块中的SeqIO.parse()函数来读取fasta文件，代码如下：

fasta_file = "your_fasta_file.fasta"
records = SeqIO.parse(fasta_file, "fasta")

其中，`your_fasta_file.fasta`为你要读取的fasta文件名，`records`为读取结果的存储变量。

4.读取txt文件中的替换规则：使用Python中的open()函数来打开txt文件，并使用readlines()方法读取其中的内容，代码如下：

txt_file = "your_txt_file.txt"
with open(txt_file, "r") as f:
    lines = f.readlines()

其中，`your_txt_file.txt`为你要读取的txt文件名，`lines`为读取结果的存储变量。

5.替换fasta文件中的id：使用Python中的re.sub()函数来替换fasta文件中的id，代码如下：

for record in records:
    for line in lines:
        pattern = line.split("\t")[0]
        replace = line.split("\t")[1].strip()
        record.id = re.sub(pattern, replace, record.id)
    print(">" + record.id + "\n" + str(record.seq))

其中，`for record in records:`用于循环遍历fasta文件中的每一个序列，`for line in lines:`用于循环遍历txt文件中的每一行替换规则，`pattern`和`replace`分别为替换规则中的匹配模式和替换内容，`record.id = re.sub(pattern, replace, record.id)`用于替换fasta文件中的id，`print(">" + record.id + "\n" + str(record.seq))`用于输出替换后的序列。

完整代码：

from Bio import SeqIO
import re

fasta_file = "your_fasta_file.fasta"
txt_file = "your_txt_file.txt"

records = SeqIO.parse(fasta_file, "fasta")

with open(txt_file, "r") as f:
    lines = f.readlines()

for record in records:
    for line in lines:
        pattern = line.split("\t")[0]
        replace = line.split("\t")[1].strip()
        record.id = re.sub(pattern, replace, record.id)
    print(">" + record.id + "\n" + str(record.seq))

其中，`your_fasta_file.fasta`和`your_txt_file.txt`分别为你要读取的fasta文件名和txt文件名，请根据实际情况进行替换。