用python写一个替换fasta文件id的代码

可以使用BioPython模块中的SeqIO库来读取fasta文件并替换id。以下是一个示例代码：

from Bio import SeqIO

# 打开fasta文件
input_file = "input.fasta"
output_file = "output.fasta"  # 保存替换后的结果

# 创建一个空的字典来存储id的替换关系
id_dict = {}

# 打开替换关系文件，将每一行的内容以空格分隔，第一个元素作为key，第二个元素作为value存入字典中
with open("id_mapping.txt") as mapping_file:
    for line in mapping_file:
        parts = line.strip().split()
        id_dict[parts[0]] = parts[1]

# 使用SeqIO库读取fasta文件，并替换id
with open(output_file, "w") as output_handle:
    for record in SeqIO.parse(input_file, "fasta"):
        if record.id in id_dict:
            record.id = id_dict[record.id]
        SeqIO.write(record, output_handle, "fasta")

在上面的代码中，我们假设有一个名为`id_mapping.txt`的文本文件，其中包含原始id和新id之间的映射关系，例如：

seq1 new_seq1
seq2 new_seq2
seq3 new_seq3

我们将这些映射关系存储在`id_dict`字典中，然后使用`SeqIO`库读取fasta文件并替换id。最终结果将保存在`output.fasta`文件中。