写一个fasta id替换代码，其中新id在txt文件 新id内容包含旧id

下面是一个用Python编写的Fasta ID替换代码，其中新ID存储在一个txt文件中，并且新ID文件中包含旧ID：

import os

fasta_file = "input.fasta"
new_id_file = "new_ids.txt"

if not os.path.exists(fasta_file):
    print("Error: Fasta file does not exist!")
    exit()

if not os.path.exists(new_id_file):
    print("Error: New ID file does not exist!")
    exit()

new_ids = {}
try:
    with open(new_id_file, "r") as f:
        for line in f:
            old_id, new_id = line.strip().split()
            new_ids[old_id] = new_id
except:
    print("Error: Failed to read new ID file!")
    exit()

try:
    with open(fasta_file, "r") as f:
        lines = f.readlines()
except:
    print("Error: Failed to read fasta file!")
    exit()

new_lines = []
for line in lines:
    if line.startswith(">"):
        old_id = line.strip().lstrip(">")
        if old_id in new_ids:
            new_id = new_ids[old_id]
            new_lines.append(">{}\n".format(new_id))
        else:
            new_lines.append(line)
    else:
        new_lines.append(line)

output_file = "output.fasta"
with open(output_file, "w") as f:
    f.writelines(new_lines)

print("Done!")

在这个代码中，我们首先检查输入的FASTA文件和新ID文件是否存在。如果存在，我们读取新ID文件并将新ID存储在一个字典中，其中旧ID作为字典中的键，新ID作为值。然后，我们读取FASTA文件，逐行扫描每条序列。对于每个标题行，我们提取出旧ID并查找对应的新ID，如果找到就用新ID替换旧ID。新的标题行和序列行都被添加到一个新的列表中。最后，我们将新的FASTA文件写入输出文件中。

请注意，新ID文件应该按照旧ID和新ID之间的空格分隔每一行。例如：

old_id1 new_id1
old_id2 new_id2
old_id3 new_id3

同时，如果新ID文件中包含的旧ID在FASTA文件中不存在，则不会进行替换，而是使用原始的旧ID。