如何将GATK的bin目录添加到系统的PATH环境变量中

将GATK的bin目录添加到系统PATH环境变量中，通常是在终端中设置环境变量，以便于在任何地方都能直接运行GATK命令。下面是步骤：

1. **Linux/Unix**:
- 打开终端。
- 使用文本编辑器打开`.bashrc`文件（位于`~/.bashrc`），如果没有，可以创建它。如果不确定路径，可以用`nano ~/.bashrc`或`vim ~/.bashrc`打开。
- 在文件的末尾添加一行，指定GATK bin目录的路径。例如：

     export PATH=$PATH:/path/to/gatk/installation/bin

- 将`/path/to/gatk/installation/bin`替换为你的实际GATK安装目录。
- 保存并关闭文件。然后执行 `source ~/.bashrc` 或 `source ~/.bash_profile`（取决于你的shell配置）使更改生效。

2. **MacOS**:
- 打开终端。
- 同样使用文本编辑器打开`.bash_profile`（位于`~/.bash_profile`）并添加上述内容。
- 右键点击“此电脑”->“属性”，选择“高级系统设置”>“环境变量”。
- 在系统变量区域，找到“Path”变量，在右侧编辑框点击“新建”按钮，添加GATK bin目录，如`;C:\Program Files\GATK`。
- 关闭所有窗口并重启终端（对于PowerShell是按Enter退出编辑模式）。

完成上述步骤后，你应该可以在终端中直接输入`gatk --help`而不必提供完整路径。

**相关问题--:**
1. GATK的环境变量配置是否会因用户的不同而不同？
2. 如果GATK安装位置有变动，如何更新PATH变量？
3. 如果忘记执行`source`命令，会有什么后果？