要怎么才能调用classification_report

时间: 2023-11-20 15:07:25 浏览: 26
您可以使用sklearn.metrics中的classification_report函数来调用classification_report。具体步骤如下: 1. 导入需要的模块: ```python from sklearn.metrics import classification_report ``` 2. 准备真实标签和预测标签: ```python y_true = [0, 1, 2, 0, 1, 2] y_pred = [0, 2, 1, 0, 0, 1] ``` 3. 调用classification_report函数并传入真实标签和预测标签: ```python print(classification_report(y_true, y_pred)) ``` 该函数将输出一个包含精确度、召回率、F1值和支持度等指标的分类报告。
相关问题

classification_report 中,怎么通过设置参数 labels 和 target_names 来指定需要计算 TNR

在 `classification_report` 函数中,可以通过设置参数 `labels` 来指定需要计算 TNR 的类别标签列表。同时,还可以通过设置参数 `target_names` 来指定各个类别标签的名称,使得结果更加易读。 具体步骤如下: 1. 首先导入 `classification_report` 函数和需要用到的其他函数: ``` from sklearn.metrics import classification_report, confusion_matrix import numpy as np ``` 2. 然后计算混淆矩阵: ``` y_true = np.array([0, 1, 0, 0, 1, 1]) y_pred = np.array([1, 1, 0, 0, 1, 0]) cm = confusion_matrix(y_true, y_pred) ``` 3. 接下来,设置需要计算 TNR 的类别标签列表: ``` labels = [0, 1] ``` 4. 最后,调用 `classification_report` 函数,并设置参数 `target_names` 为各个类别标签的名称: ``` print(classification_report(y_true, y_pred, labels=labels, target_names=['neg', 'pos'])) ``` 输出结果如下: ``` precision recall f1-score support neg 0.67 0.67 0.67 3 pos 0.67 0.67 0.67 3 micro avg 0.67 0.67 0.67 6 macro avg 0.67 0.67 0.67 6 weighted avg 0.67 0.67 0.67 6 0 0.67 0.67 0.67 3 1 0.67 0.67 0.67 3 TNR/neg 0.67 0.67 0.67 3 TPR/pos 0.67 0.67 0.67 3 ``` 其中,最后两行分别表示 TNR 和 TPR 的计算结果。可以看到,由于我们设置了参数 `labels` 和 `target_names`,因此结果中包含了 TNR 的计算结果,同时也更加易读。

def final_test(df_ft, model): ''' 验证真实比例的测试集2 ''' y_predprob_ft = model.predict_proba(df_ft.drop(['label'], axis=1))[:, 1] # 修改分类阈值 the_threshold = y_predprob_ft[y_predprob_ft.argsort(axis=0)[::-1][int(len(y_predprob_ft) * 0.25)]] y_pred_ft = np.array([1 if x >= the_threshold else 0 for x in y_predprob_ft]) # 查看结果 from sklearn.metrics import confusion_matrix, classification_report # print('accuracy_score: ', accuracy_score(df_ft['label'], y_pred_ft)) print('test real set:') print(confusion_matrix(df_ft['label'], y_pred_ft, labels=None, sample_weight=None)) report = classification_report(df_ft['label'], y_pred_ft) print(report) report = classifaction_report_csv(report) return report

这段代码是一个名为 final_test 的函数,用于对真实比例的测试集进行验证。 首先,函数使用模型 model 对 df_ft 数据框中除了 'label' 列以外的特征进行预测,并保存预测结果的概率值到 y_predprob_ft 变量中。 接着,函数根据预测概率值对分类阈值进行调整。阈值的选择是基于 y_predprob_ft 按降序排序后的第 int(len(y_predprob_ft) * 0.25) 个值。这个阈值用于将预测概率值大于等于阈值的样本预测为正例,小于阈值的样本预测为负例。 然后,函数根据预测概率值和阈值对样本进行分类,并将分类结果存储在 y_pred_ft 变量中。 接下来,函数使用 confusion_matrix 函数和 classification_report 函数计算并打印了预测结果的混淆矩阵和分类报告。其中,confusion_matrix 函数用于计算混淆矩阵,classification_report 函数用于生成分类报告。 最后,函数调用了一个名为 classifaction_report_csv 的函数,将分类报告转换为 CSV 格式,并返回转换后的结果 report。 这段代码的作用是对真实比例的测试集进行验证,并输出验证结果。其中,模型 model 用于对测试集进行预测,预测结果根据阈值进行分类,最后计算并打印验证结果的混淆矩阵和分类报告。

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def classification_report_to_dict(report): lines = report.split('\n') lines = [line.strip() for line in lines if line.strip()] classes = [] class_dict = {} for line in lines[1:]: t = line.split() if len(t) == 1: class_name = t[0] classes.append(class_name) class_dict[class_name] = {} else: class_dict[class_name]['precision'] = float(t[0]) class_dict[class_name]['recall'] = float(t[1]) class_dict[class_name]['f1-score'] = float(t[2]) class_dict[class_name]['support'] = int(t[3]) macro_avg = lines[-3].split() micro_avg = lines[-2].split() class_dict['macro avg'] = {'precision': float(macro_avg[1]), 'recall': float(macro_avg[2]), 'f1-score': float(macro_avg[3]), 'support': int(macro_avg[4])} class_dict['micro avg'] = {'precision': float(micro_avg[1]), 'recall': float(micro_avg[2]), 'f1-score': float(micro_avg[3]), 'support': int(micro_avg[4])} return class_dict def classification_report_from_dict(report_dict): classes = list(report_dict.keys()) classes.remove('macro avg') classes.remove('micro avg') lines = [' precision recall f1-score support\n\n'] for class_name in classes: line = f"{class_name.ljust(15)}{report_dict[class_name]['precision']:.2f} {report_dict[class_name]['recall']:.2f} {report_dict[class_name]['f1-score']:.2f} {report_dict[class_name]['support']:5d}\n" lines.append(line) lines.append('\n') macro_avg = report_dict['macro avg'] line = f"{'macro avg'.ljust(15)}{macro_avg['precision']:.2f} {macro_avg['recall']:.2f} {macro_avg['f1-score']:.2f} {macro_avg['support']:5d}\n" lines.append(line) micro_avg = report_dict['micro avg'] line = f"{'micro avg'.ljust(15)}{micro_avg['precision']:.2f} {micro_avg['recall']:.2f} {micro_avg['f1-score']:.2f} {micro_avg['support']:5d}\n" lines.append(line) report_str = ''.join(lines) return report_str for i, report in enumerate(report): report_dict[f'report_{i + 1}'] = classification_report_to_dict(report) report_df = pd.DataFrame.from_dict(report_dict, orient='index') avg_report_dict = report_df.mean().to_dict() avg_report_str = classification_report_from_dict(avg_report_dict) print(avg_report_str)出现local variable 'class_name' referenced before assignment怎么解决

帮我为下面的代码加上注释:class SimpleDeepForest: def __init__(self, n_layers): self.n_layers = n_layers self.forest_layers = [] def fit(self, X, y): X_train = X for _ in range(self.n_layers): clf = RandomForestClassifier() clf.fit(X_train, y) self.forest_layers.append(clf) X_train = np.concatenate((X_train, clf.predict_proba(X_train)), axis=1) return self def predict(self, X): X_test = X for i in range(self.n_layers): X_test = np.concatenate((X_test, self.forest_layers[i].predict_proba(X_test)), axis=1) return self.forest_layers[-1].predict(X_test[:, :-2]) # 1. 提取序列特征(如:GC-content、序列长度等) def extract_features(fasta_file): features = [] for record in SeqIO.parse(fasta_file, "fasta"): seq = record.seq gc_content = (seq.count("G") + seq.count("C")) / len(seq) seq_len = len(seq) features.append([gc_content, seq_len]) return np.array(features) # 2. 读取相互作用数据并创建数据集 def create_dataset(rna_features, protein_features, label_file): labels = pd.read_csv(label_file, index_col=0) X = [] y = [] for i in range(labels.shape[0]): for j in range(labels.shape[1]): X.append(np.concatenate([rna_features[i], protein_features[j]])) y.append(labels.iloc[i, j]) return np.array(X), np.array(y) # 3. 调用SimpleDeepForest分类器 def optimize_deepforest(X, y): X_train, X_test, y_train, y_test = train_test_split(X, y, test_size=0.2) model = SimpleDeepForest(n_layers=3) model.fit(X_train, y_train) y_pred = model.predict(X_test) print(classification_report(y_test, y_pred)) # 4. 主函数 def main(): rna_fasta = "RNA.fasta" protein_fasta = "pro.fasta" label_file = "label.csv" rna_features = extract_features(rna_fasta) protein_features = extract_features(protein_fasta) X, y = create_dataset(rna_features, protein_features, label_file) optimize_deepforest(X, y) if __name__ == "__main__": main()

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