高斯计算单晶的优化时,如何考虑氢键作用,需要怎么编写输入文件
时间: 2024-03-06 12:49:10 浏览: 17
在高斯中进行单晶优化时,可以通过在输入文件中添加氢键作用的信息来考虑氢键的影响。具体步骤如下:
1. 在输入文件中定义分子的几何结构。
2. 定义分子中含有氢键的原子,可以通过在坐标后面添加 H 推断出该原子为氢原子,例如:
```
O 0.000000 1.000000 0.000000
H 0.000000 0.000000 0.000000
```
这里的 H 是与氧原子相连的氢原子,表示这两个原子之间存在氢键作用。
3. 在输入文件中指定使用的氢键模型,例如使用B3LYP/6-31G*计算氢键作用,可以在输入文件中添加以下行:
```
#p B3LYP/6-31G* opt freq=noraman iop(6/33=2,6/41=10) nosymm scf=xqc
```
这里的 `nosymm` 表示不考虑分子的对称性,`scf=xqc` 表示使用扩展的格点方法计算电子结构,`iop(6/33=2,6/41=10)` 表示启用氢键特殊计算选项。
4. 在输入文件中添加氢键作用的信息,可以通过在输入文件中添加以下行:
```
#p B3LYP/6-31G* opt freq=noraman iop(6/33=2,6/41=10) nosymm scf=xqc
%chk=filename.chk
%mem=2000MB
%nproc=16
#p opt freq=noraman iop(6/33=2,6/41=10) nosymm scf=xqc
Title
0 1
O 0.000000 1.000000 0.000000
H 0.000000 0.000000 0.000000
Hbond
1 2 F
```
这里的 `Hbond` 表示氢键作用的信息,`1 2 F` 表示第1个原子和第2个原子之间存在氢键作用,并且这个氢键是一个 F 型氢键。
需要注意的是,氢键的影响可能比较微弱,优化时需要适当调整优化步长和收敛标准等参数,以保证计算的准确性。