编写一个python函数,给定一个DNA序列,该函数可检测序列中是否存在大小为k的重复子序列(其中k应该作为参数传递给函数)。结果是一个字典,以子序列作为键,以它们的频率作为值。要用BM算法!
时间: 2024-09-27 17:14:55 浏览: 20
在Python中,我们可以使用Boyer-Moore (BM) 算法来寻找重复子序列。这个算法是一种启发式的字符串匹配算法,用于从文本串中查找模式串。然而,对于这个问题,我们需要对原始字符串进行滑动窗口的方式来查找所有长度为`k`的子序列,并计算它们的出现次数。下面是一个简单的实现:
```python
def find_k_length_repeats(dna_seq, k):
if len(dna_seq) < k:
return {}
freq_dict = {}
window_start = 0
while window_start + k <= len(dna_seq):
subseq = dna_seq[window_start:window_start+k]
# 如果子序列已经在字典里,增加计数
if subseq in freq_dict:
freq_dict[subseq] += 1
else:
freq_dict[subseq] = 1
# 移动窗口
window_start += 1
return freq_dict
# 使用示例
dna_seq = "ATCGATCGTACGTACG"
k = 3
repeats = find_k_length_repeats(dna_seq, k)
print(repeats)
阅读全文