使用python将从数据库中读取的一列数据挨个计算每个单词中ATCG占的比例(最多取小数点后六位)后存到数据库对应的位置
时间: 2024-05-10 16:19:55 浏览: 152
我可以回答这个问题。您可以使用Python中的正则表达式来匹配每个单词中的ATCG,并计算其比例。具体步骤可以参考以下代码:
```python
import re
import pymysql
# 连接数据库
conn = pymysql.connect(host='localhost', user='root', password='password', db='database', charset='utf8mb4')
cursor = conn.cursor()
# 读取数据
cursor.execute('SELECT column FROM table')
results = cursor.fetchall()
# 计算ATCG比例并更新数据库
for row in results:
for word in row[0].split():
a_count = len(re.findall('A', word))
t_count = len(re.findall('T', word))
c_count = len(re.findall('C', word))
g_count = len(re.findall('G', word))
total = a_count + t_count + c_count + g_count
if total > 0:
a_ratio = round(float(a_count) / total, 6)
t_ratio = round(float(t_count) / total, 6)
c_ratio = round(float(c_count) / total, 6)
g_ratio = round(float(g_count) / total, 6)
# 更新数据库
cursor.execute('UPDATE table SET AT_ratio=%s, CG_ratio=%s WHERE word=%s', (a_ratio, c_ratio, word))
# 提交更改并关闭连接
conn.commit()
cursor.close()
conn.close()
```
在这个代码中,我们首先连接数据库,并从中读取我们需要的那一列数据。接着,我们使用Python中的正则表达式来匹配每个单词中的ATCG,并计算每个单词中ATCG的比例。最后,我们将ATCG比例更新到数据库中对应的位置。
需要注意的是,这里我们假设数据库中有一个对应每个单词的位置来存储ATCG比例。如果您的数据库结构不同,您需要根据自己的情况来修改代码。
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