解释这段代码for cancer_type_py in cancer_types_py: f = open(''.join([dir_py,'\\tcga_data\\',cancer_type_py,'\\TCGA-',cancer_type_py,'-miRNA.csv']), 'r', encoding='utf-8') rdr = list(csv.reader(f)) rdrt=list( zip(*rdr)) with open(''.join([dir_py,'\\tcga_data\\',cancer_type_py,'\\tmp_miRNA.csv']), 'w', newline='') as f: writer = csv.writer(f) writer.writerow(rdrt[0]) for ele in rdrt[1:]: if ele[0][13]=='1': writer.writerow(ele) for ele in rdrt[1:]: if ele[0][13]=='0': writer.writerow(ele) f.close() f = open(''.join([dir_py,'\\tcga_data\\',cancer_type_py,'\\tmp_miRNA.csv']), 'r', encoding='utf-8') rdr = list(csv.reader(f)) rdrt=list( zip(*rdr)) with open(''.join([dir_py,'\\tcga_data\\',cancer_type_py,'\\miRNAMatrix.csv']), 'w', newline='') as f: writer = csv.writer(f) for ele in rdrt: writer.writerow(ele) f.close() time.sleep(1)
时间: 2024-04-10 14:32:10 浏览: 13
这段代码是一个循环,对一个列表中的每个癌症类型进行操作。具体的操作可以分为以下几个步骤:
1. 打开一个名为'TCGA-<cancer_type>-miRNA.csv'的CSV文件,其中<cancer_type>是当前循环迭代的癌症类型。文件路径是通过拼接字符串得到的。
2. 使用csv.reader读取文件内容,并将其转换为列表形式。
3. 使用zip函数对列表进行转置,将行转换为列。
4. 创建一个名为'tmp_miRNA.csv'的新CSV文件,用于存储筛选后的数据。
5. 使用csv.writer创建一个写入器,并将转置后的列表的第一行写入新文件。
6. 遍历转置后的列表中的每一行(除了第一行),如果该行的第一个元素的第13个字符为'1',则将该行写入新文件。
7. 再次遍历转置后的列表中的每一行(除了第一行),如果该行的第一个元素的第13个字符为'0',则将该行写入新文件。
8. 关闭当前打开的文件。
9. 打开之前创建的'tmp_miRNA.csv'文件,读取其内容,并将其转换为列表形式。
10. 再次使用zip函数对列表进行转置。
11. 创建一个名为'miRNAMatrix.csv'的新CSV文件,用于存储转置后的列表。
12. 使用csv.writer创建一个写入器,并将转置后的列表的每一行写入新文件。
13. 关闭当前打开的文件。
14. 使用time.sleep(1)函数暂停1秒,以便给其他操作留出空间。
整个循环将对列表中的每个癌症类型执行上述操作,每个操作完成后暂停1秒,然后进入下一个循环迭代。
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解释这段代码train=pd.read_csv(dir_py+"\\tcga_data\\"+cancer+"\\ml_input.csv")
这段代码是使用`pandas`库来读取一个CSV文件,并将其存储在名为`train`的变量中。
让我逐步解释这段代码:
- `pd`:这是`pandas`库的别名,通过使用`import pandas as pd`语句来导入。
- `read_csv()`:这是`pandas`库中的一个函数,用于读取CSV文件。
- `dir_py`:这是一个变量,应该是包含Python文件所在目录的路径。
- `+`:这是Python中的字符串拼接操作符,用于将多个字符串连接起来。
- `"\\tcga_data\\"`:这是一个字符串,表示在目录下的`tcga_data`文件夹中。
- `cancer`:这是一个变量,应该是表示特定癌症类型的字符串。
- `"\\ml_input.csv"`:这是一个字符串,表示要读取的CSV文件名为`ml_input.csv`。
综合起来,该行代码的作用是根据给定的目录路径和特定癌症类型,构建出实际要读取的CSV文件的路径,并使用`read_csv()`函数将其读取到名为`train`的变量中。
例如,如果`dir_py`为`"C:/project"`,`cancer`为`"breast_cancer"`,那么该行代码将尝试读取位于`C:/project/tcga_data/breast_cancer/ml_input.csv`路径下的CSV文件,并将其内容存储在名为`train`的变量中。
希望这能帮助你理解这段代码!如有其他问题,请随时提问。
解释这段代码cancer='HNSC' train=pd.read_csv(dir_py+"\\tcga_data\\"+cancer+"\\ml_input.csv") target=pd.read_csv(dir_py+"\\tcga_data\\"+cancer+"\\tab_label.csv",index_col=0).values.ravel() indices = train.columns[2:] train=train.iloc[:,2:].T.values
这段代码用于读取和处理与癌症相关的数据。
- `cancer='HNSC'`:将变量`cancer`设置为字符串`'HNSC'`,表示所选的癌症类型为头颈部鳞状细胞癌。
- `train=pd.read_csv(dir_py+"\\tcga_data\\"+cancer+"\\ml_input.csv")`:使用`pd.read_csv()`函数读取名为`ml_input.csv`的文件,该文件位于路径`dir_py+"\\tcga_data\\"+cancer`下。读取的数据被存储在名为`train`的DataFrame中。
- `target=pd.read_csv(dir_py+"\\tcga_data\\"+cancer+"\\tab_label.csv",index_col=0).values.ravel()`:使用`pd.read_csv()`函数读取名为`tab_label.csv`的文件,该文件位于路径`dir_py+"\\tcga_data\\"+cancer`下。在这里,`index_col=0`表示将第一列作为索引列。读取的数据被存储在名为`target`的一维数组中。
- `indices = train.columns[2:]`:从`train` DataFrame中的列中提取索引,从第三列开始(索引2),并将其存储在名为`indices`的变量中。
- `train=train.iloc[:,2:].T.values`:从`train` DataFrame中选择所有行和从第三列开始的所有列。然后通过`.T`进行转置操作,将数据框转换为NumPy数组,并将结果存储回`train`变量中。
综上所述,这段代码的目的是读取与头颈部鳞状细胞癌相关的训练数据,并对数据进行处理,以便后续使用。