python读取文件,每个>分隔一个sequence,并将sequence转化为字符串
时间: 2023-05-23 08:00:44 浏览: 81
可以使用Python文件读取函数,读取文件内容并使用字符串分割函数将内容分割成列表,然后遍历列表将每个sequence转成字符串。示例代码如下:
```python
with open('filename.txt', 'r') as file:
content = file.read()
# split by ">"
sequences = content.split(">")
# convert each sequence to string
for i in range(len(sequences)):
sequences[i] = str(sequences[i])
```
注意:要替换 'filename.txt' 为实际文件名,文件需要与脚本在同一目录中。
相关问题
设计一个字符串序列类sequence
字符串序列类sequence可以包含以下方法:
1.构造函数:可以接受一个字符串作为参数,将其转换为序列。
2.获取长度:返回序列的长度。
3.获取元素:接受一个索引作为参数,返回该索引处的元素。
4.切片:接受两个索引作为参数,返回从第一个索引到第二个索引之间的子序列。
5.查找:接受一个字符串作为参数,返回该字符串在序列中第一次出现的索引。
6.替换:接受两个字符串作为参数,将序列中所有出现第一个字符串的地方替换为第二个字符串。
7.连接:接受一个序列作为参数,返回将该序列连接到当前序列后的新序列。
8.重载运算符:支持加法运算符,将两个序列连接起来。
9.迭代器:支持迭代器,可以使用for循环遍历序列中的元素。
10.字符串表示:重载字符串表示方法,可以将序列转换为字符串输出。
以上是一个简单的字符串序列类的设计,可以根据实际需求进行扩展和修改。
python对fasta文件读取实现DNA序列字符串转换,互补链,反向链,反向互补链并新建一个·fasta文件储存
可以使用Python中的Biopython模块来对fasta文件进行读取和处理,并实现DNA序列字符串转换、互补链、反向链和反向互补链,并将结果保存到一个新的fasta文件中。
假设fasta文件名为example.fasta,其中包含一个DNA序列:
```
>sequence_1
ATCGATCGATCG
```
1. 读取fasta文件
使用Biopython模块中的SeqIO模块读取fasta文件,并获取DNA序列的字符串。
```python
from Bio import SeqIO
# 读取fasta文件
for seq_record in SeqIO.parse("example.fasta", "fasta"):
seq = str(seq_record.seq)
print(seq)
```
2. 互补链
使用Biopython模块中的reverse_complement函数获取DNA序列的互补链。
```python
from Bio.Seq import reverse_complement
# 获取互补链
comp_seq = reverse_complement(seq)
print(comp_seq)
```
3. 反向链
使用字符串的切片操作[::-1]获取DNA序列的反向链。
```python
# 获取反向链
rev_seq = seq[::-1]
print(rev_seq)
```
4. 反向互补链
先获取互补链,再使用字符串的切片操作[::-1]获取DNA序列的反向互补链。
```python
# 获取反向互补链
rev_comp_seq = comp_seq[::-1]
print(rev_comp_seq)
```
5. 新建fasta文件并储存结果
使用Biopython模块中的SeqRecord模块和SeqIO模块新建一个fasta文件,并将DNA序列的字符串转换、互补链、反向链和反向互补链分别作为四条序列保存到fasta文件中。
```python
from Bio.SeqRecord import SeqRecord
from Bio.Seq import Seq
# 新建fasta文件并储存结果
records = [SeqRecord(Seq(seq), id="sequence_1"),
SeqRecord(Seq(comp_seq), id="sequence_2"),
SeqRecord(Seq(rev_seq), id="sequence_3"),
SeqRecord(Seq(rev_comp_seq), id="sequence_4")]
SeqIO.write(records, "result.fasta", "fasta")
```
完整代码如下:
```python
from Bio import SeqIO
from Bio.Seq import reverse_complement
from Bio.SeqRecord import SeqRecord
from Bio.Seq import Seq
# 读取fasta文件
for seq_record in SeqIO.parse("example.fasta", "fasta"):
seq = str(seq_record.seq)
print(seq)
# 获取互补链
comp_seq = reverse_complement(seq)
print(comp_seq)
# 获取反向链
rev_seq = seq[::-1]
print(rev_seq)
# 获取反向互补链
rev_comp_seq = comp_seq[::-1]
print(rev_comp_seq)
# 新建fasta文件并储存结果
records = [SeqRecord(Seq(seq), id="sequence_1"),
SeqRecord(Seq(comp_seq), id="sequence_2"),
SeqRecord(Seq(rev_seq), id="sequence_3"),
SeqRecord(Seq(rev_comp_seq), id="sequence_4")]
SeqIO.write(records, "result.fasta", "fasta")
```
输出结果为:
```
ATCGATCGATCG
CGATCGATCGAT
GCTAGCTAGCTA
TAGCTAGCTAGC
```
并且会生成一个新的fasta文件result.fasta,其中包含四条序列:
```
>sequence_1
ATCGATCGATCG
>sequence_2
CGATCGATCGAT
>sequence_3
GCTAGCTAGCTA
>sequence_4
TAGCTAGCTAGC
```
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