python对fasta文件读取实现DNA序列字符串转换，互补链，反向链，反向互补链

可以使用Python中的Biopython模块来对fasta文件进行读取和处理，并实现DNA序列字符串转换、互补链、反向链和反向互补链。

假设fasta文件名为example.fasta，其中包含一个DNA序列：

>sequence_1
ATCGATCGATCG

1. 读取fasta文件

使用Biopython模块中的SeqIO模块读取fasta文件，并获取DNA序列的字符串。

from Bio import SeqIO

# 读取fasta文件
for seq_record in SeqIO.parse("example.fasta", "fasta"):
    seq = str(seq_record.seq)
    print(seq)

2. 互补链

使用Biopython模块中的reverse_complement函数获取DNA序列的互补链。

from Bio.Seq import reverse_complement

# 获取互补链
comp_seq = reverse_complement(seq)
print(comp_seq)

3. 反向链

使用字符串的切片操作[::-1]获取DNA序列的反向链。

# 获取反向链
rev_seq = seq[::-1]
print(rev_seq)

4. 反向互补链

先获取互补链，再使用字符串的切片操作[::-1]获取DNA序列的反向互补链。

# 获取反向互补链
rev_comp_seq = comp_seq[::-1]
print(rev_comp_seq)

完整代码如下：

from Bio import SeqIO
from Bio.Seq import reverse_complement

# 读取fasta文件
for seq_record in SeqIO.parse("example.fasta", "fasta"):
    seq = str(seq_record.seq)
    print(seq)

    # 获取互补链
    comp_seq = reverse_complement(seq)
    print(comp_seq)

    # 获取反向链
    rev_seq = seq[::-1]
    print(rev_seq)

    # 获取反向互补链
    rev_comp_seq = comp_seq[::-1]
    print(rev_comp_seq)

输出结果为：

ATCGATCGATCG
CGATCGATCGAT
GCTAGCTAGCTA
TAGCTAGCTAGC