Step2: Clustering fastani matrix by scipy's UPGMA method. # Step3: Using clustered matrix, draw ANI clustermap by seaborn.
时间: 2024-03-18 20:41:37 浏览: 153
下面是使用Python中的scipy和seaborn库进行fastANI矩阵聚类和绘制ANI聚类图的示例代码:
```python
import numpy as np
import seaborn as sns
from scipy.cluster.hierarchy import dendrogram, linkage
from scipy.spatial.distance import squareform
# 读取fastANI矩阵
fastani_matrix = np.loadtxt('fastani_matrix.txt')
# 将矩阵转换为距离矩阵
distance_matrix = 1 - fastani_matrix
# 将距离矩阵转换为距离向量
distance_vector = squareform(distance_matrix)
# 使用UPGMA方法进行层次聚类
linkage_matrix = linkage(distance_vector, method='average')
# 绘制聚类图
g = sns.clustermap(fastani_matrix, method='average', metric='euclidean', cmap='coolwarm', figsize=(10,10))
g.ax_heatmap.set_xlabel('Genomes')
g.ax_heatmap.set_ylabel('Genomes')
plt.show()
```
其中,假设fastANI矩阵保存在名为“fastani_matrix.txt”的文件中。在代码中,首先使用numpy库读取fastANI矩阵,然后将矩阵转换为距离矩阵,再将距离矩阵转换为距离向量。接下来,使用UPGMA方法进行层次聚类,并使用seaborn库绘制ANI聚类图。最后,调用plt.show()函数显示聚类图。
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