在`RandomElasticDeformation`函数中,有`image_key`和`label_key`参数吗
时间: 2023-10-23 19:08:50 浏览: 32
在`tio.RandomElasticDeformation`函数中并没有`image_key`和`label_key`参数。这两个参数通常用于处理多输入数据的情况,比如多模态图像配准。在这种情况下,可以使用`image_key`和`label_key`参数来指定输入数据的键值,以便函数能够正确地识别和处理不同的输入数据。但是,在`tio.RandomElasticDeformation`函数中,我们只需要传入要进行弹性变形的图像和标签即可,函数会自动识别输入数据的类型并进行处理。
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解释代码def dataIterator(feature_file,label_file,dictionary,batch_size,batch_Imagesize,maxlen,maxImagesize): fp=open(feature_file,'rb') features=pkl.load(fp) fp.close() fp2=open(label_file,'r') labels=fp2.readlines() fp2.close() targets={} # map word to int with dictionary for l in labels: tmp=l.strip().split() uid=tmp[0] w_list=[] for w in tmp[1:]: #if dictionary.has_key(w): if w in dictionary.keys(): w_list.append(dictionary[w]) else: print ('a word not in the dictionary !! sentence ',uid,'word ', w) sys.exit() targets[uid]=w_list imageSize={} for uid,fea in features.items(): imageSize[uid]=fea.shape[1]*fea.shape[2] imageSize= sorted(imageSize.items(), key=lambda d:d[1]) # sorted by sentence length, return a list with each triple element feature_batch=[] label_batch=[] feature_total=[] label_total=[] uidList=[] batch_image_size=0 biggest_image_size=0 i=0 for uid,size in imageSize: if size>biggest_image_size: biggest_image_size=size fea=features[uid] # cv2.namedWindow(uid, 0) # cv2.imshow(uid, fea) # cv2.waitKey(0) lab=targets[uid] batch_image_size=biggest_image_size*(i+1) if len(lab)>maxlen: print ('sentence', uid, 'length bigger than', maxlen, 'ignore') elif size>maxImagesize: print ('image', uid, 'size bigger than', maxImagesize, 'ignore') else: uidList.append(uid) if batch_image_size>batch_Imagesize or i==batch_size: # a batch is full feature_total.append(feature_batch) label_total.append(label_batch) i=0 biggest_image_size=size feature_batch=[] label_batch=[] feature_batch.append(fea) label_batch.append(lab) batch_image_size=biggest_image_size*(i+1) i+=1 else: feature_batch.append(fea) label_batch.append(lab) i+=1 # last batch feature_total.append(feature_batch) label_total.append(label_batch) print ('total ',len(feature_total), 'batch data loaded') return list(zip(feature_total,label_total)),uidList
这段代码定义了一个名为dataIterator的函数,它有七个参数:feature_file、label_file、dictionary、batch_size、batch_Imagesize、maxlen和maxImagesize。
函数的作用是迭代读取特征文件和标签文件中的数据,并将它们转换成模型可以处理的格式。其中,特征文件是一个pickle文件,需要使用pkl.load()函数来读取;标签文件是一个文本文件,需要使用readlines()函数来读取。
函数的返回值是一个字典targets,其中包含了每个批次的特征和标签数据。每个批次的大小由batch_size参数指定,每个图像的大小由batch_Imagesize参数指定。同时,为了避免数据过长或过大,函数还对每个样本的长度和图像大小进行了限制,分别由maxlen和maxImagesize参数指定。
图像数据集是由{"img","lable"}组成的列表,现在需要用monai库中的一些转换函数,包括loadimage、resize、copyitem和randrotate来处理这些图像,其中copyitems只针对label=1的图像复制6倍,copyitens内参数只有keys, times,name以及allow_missing_key,代码如何实现
可以使用以下代码实现:
```python
import random
from monai.transforms import LoadImage, Resize, RandRotate, CopyItems
# 定义需要使用的转换函数
load_image = LoadImage(image_only=True)
resize = Resize((256, 256))
rand_rotate = RandRotate(range_x=[-15, 15], prob=0.5, keep_size=True)
copy_items = CopyItems(keys=["img", "label"], times=6, name="img_copy", allow_missing_keys=True)
# 定义处理函数
def process_data(data):
img, label = data["img"], data["label"]
img = load_image(img)
img, label = resize(img, label)
img, label = rand_rotate(img, label)
if label == 1:
data = copy_items(data)
return data
```
在这个处理函数中,我们首先从数据中获取图片和标签,然后依次对图片进行加载、缩放、随机旋转的操作。最后,如果标签为1,则调用`copy_items`函数将图像复制6份,并将其保存到`img_copy`字段中。最终返回处理后的数据。注意,我们需要设置`allow_missing_keys=True`,因为有些数据可能没有标签。