blastn结果怎么解读,每一列代表什么
时间: 2024-02-19 19:00:52 浏览: 139
Blastn输出的比对结果是一个表格,每一行代表一个比对结果,每一列代表不同的信息。下面是Blastn输出结果的各列含义:
1. Query id:查询序列的标识符。
2. Subject id:参考序列的标识符。
3. % identity:比对序列之间的相似度百分比。
4. alignment length:比对序列的长度。
5. mismatches:比对序列之间的不匹配数量。
6. gap opens:比对序列中出现的插入或删除数量。
7. q. start:查询序列的起始位置。
8. q. end:查询序列的终止位置。
9. s. start:参考序列的起始位置。
10. s. end:参考序列的终止位置。
11. evalue:比对序列之间的期望值(期望得分)。
12. bit score:比对序列之间的比特分数。
解读Blastn结果的关键是理解上述各列含义和它们之间的关系。例如,% identity和alignment length可以用于评估比对质量,evalue和bit score可以用于评估比对的可靠性和显著性。
相关问题
能看出来输出结果包含了什么信息吗,每一列是什么内容
根据blastn命令中的-outfmt 6选项,输出结果为tabular格式,共有12列,每一列的含义如下:
1. qseqid:查询序列的ID;
2. qlen:查询序列的长度;
3. saccver:匹配到的参考序列的ID和版本号;
4. salltitles:匹配到的参考序列的所有注释信息;
5. slen:匹配到的参考序列的长度;
6. pident:比对序列和参考序列的同源性百分比;
7. length:比对序列和参考序列的匹配长度;
8. qcovs:比对序列和参考序列的覆盖度百分比;
9. bitscore:比对序列和参考序列的比对分数;
10. evalue:比对序列和参考序列的比对期望值;
11. staxids:匹配到的参考序列的物种ID;
12. 空列:保留,无内容。
WU-BLASTN工具
WU-BLASTN是一种用于核酸序列比对的工具,它是基于NCBI BLAST(Basic Local Alignment Search Tool)的一个变种。WU-BLASTN使用的算法和原理与BLASTN类似,但在性能和准确性上有所改进。
WU-BLASTN是用于比对核酸序列的工具,它可以在数据库中快速搜索和比对DNA或RNA序列。它主要用于寻找相似的序列、确定同源性、识别功能区域等任务。WU-BLASTN采用了局部比对的策略,通过寻找序列之间的局部匹配来确定相似性。
WU-BLASTN可以用于各种生物学研究领域,如基因组学、转录组学、比较基因组学等。它在序列比对和注释中发挥着重要作用,帮助研究人员理解生物学序列之间的关系和功能。
请注意,WU-BLASTN是一个开源工具,并且已经有一些更新和改进的版本可供使用。您可以在相关的生物信息学资源和网站上找到更多关于WU-BLASTN工具的详细信息和使用方法。