在R语言中对ergm模型利用M—H采样函数进行参数估计,并绘制参数的后验密度、迭代轨迹、自相关作用图

时间: 2024-02-03 13:03:24 浏览: 24
要使用M-H采样函数对ergm模型进行参数估计,需要先安装并加载ergm包和MCMC包。下面是一个例子: ```R library(ergm) library(MCMC) # 创建一个随机网络数据 set.seed(123) g <- rgraph(50, 0.2) # 构建一个基本的ergm模型,包括度分布和三角形 model <- ergm(g ~ edges + nodematch("sex") + triad) # 定义一个M-H采样函数 MH <- function(theta, proposal_sd, formula, graph) { # 计算当前参数theta下的似然函数值 current_loglik <- logLik(ergm(formula, graph, coef=theta)) # 生成一个新的参数theta_prop theta_prop <- rnorm(length(theta), mean=theta, sd=proposal_sd) # 计算新参数theta_prop下的似然函数值 prop_loglik <- logLik(ergm(formula, graph, coef=theta_prop)) # 计算接受率 accept_prob <- min(1, exp(prop_loglik - current_loglik)) # 以一定概率接受新参数 if(runif(1) < accept_prob) { theta <- theta_prop } return(theta) } # 运行M-H采样函数 params <- MCMCmetrop1R(fn=MH, theta=model$coef, proposal_sd=0.1, formula=model$formula, graph=g, burnin=1000, mcmc=5000, thin=10, verbose=F) # 绘制参数的后验密度 plot(density(params[,1]), main="Posterior Density of Intercept") plot(density(params[,2]), main="Posterior Density of Edges") plot(density(params[,3]), main="Posterior Density of Nodematch(sex)") plot(density(params[,4]), main="Posterior Density of Triangle") # 绘制迭代轨迹 plot(params) # 绘制自相关作用图 acf(params[,1]) acf(params[,2]) acf(params[,3]) acf(params[,4]) ``` 在上面的例子中,我们创建了一个随机网络数据,然后构建了一个基本的ergm模型,包括度分布和三角形。接下来定义了一个M-H采样函数,运行M-H采样函数,得到了参数的后验分布,以及迭代轨迹和自相关作用图。需要根据具体的数据和模型修改代码中的参数和公式。

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