在R语言中对ergm模型利用M—H采样函数进行参数估计,并绘制参数的后验密度、迭代轨迹、自相关作用图
时间: 2024-02-03 22:03:24 浏览: 67
要使用M-H采样函数对ergm模型进行参数估计,需要先安装并加载ergm包和MCMC包。下面是一个例子:
```R
library(ergm)
library(MCMC)
# 创建一个随机网络数据
set.seed(123)
g <- rgraph(50, 0.2)
# 构建一个基本的ergm模型,包括度分布和三角形
model <- ergm(g ~ edges + nodematch("sex") + triad)
# 定义一个M-H采样函数
MH <- function(theta, proposal_sd, formula, graph) {
# 计算当前参数theta下的似然函数值
current_loglik <- logLik(ergm(formula, graph, coef=theta))
# 生成一个新的参数theta_prop
theta_prop <- rnorm(length(theta), mean=theta, sd=proposal_sd)
# 计算新参数theta_prop下的似然函数值
prop_loglik <- logLik(ergm(formula, graph, coef=theta_prop))
# 计算接受率
accept_prob <- min(1, exp(prop_loglik - current_loglik))
# 以一定概率接受新参数
if(runif(1) < accept_prob) {
theta <- theta_prop
}
return(theta)
}
# 运行M-H采样函数
params <- MCMCmetrop1R(fn=MH, theta=model$coef, proposal_sd=0.1,
formula=model$formula, graph=g, burnin=1000,
mcmc=5000, thin=10, verbose=F)
# 绘制参数的后验密度
plot(density(params[,1]), main="Posterior Density of Intercept")
plot(density(params[,2]), main="Posterior Density of Edges")
plot(density(params[,3]), main="Posterior Density of Nodematch(sex)")
plot(density(params[,4]), main="Posterior Density of Triangle")
# 绘制迭代轨迹
plot(params)
# 绘制自相关作用图
acf(params[,1])
acf(params[,2])
acf(params[,3])
acf(params[,4])
```
在上面的例子中,我们创建了一个随机网络数据,然后构建了一个基本的ergm模型,包括度分布和三角形。接下来定义了一个M-H采样函数,运行M-H采样函数,得到了参数的后验分布,以及迭代轨迹和自相关作用图。需要根据具体的数据和模型修改代码中的参数和公式。
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