在R语言中对ergm模型利用M—H采样函数进行参数估计,并绘制参数的后验密度、迭代轨迹、自相关作用图
时间: 2024-02-03 15:03:24 浏览: 83
首先,我们需要安装并加载ergm包以及coda包(用于M-H采样函数的后处理)。
```R
install.packages("ergm")
install.packages("coda")
library(ergm)
library(coda)
```
然后,我们需要准备数据,并定义ergm模型。在这里,我们使用Zachary空手道俱乐部成员之间的关系数据作为示例数据。我们定义以下模型:
```R
data(karate)
model <- ergm(karate ~ edges + mutual + gwesp(0.5, fixed = TRUE))
```
现在,我们可以使用M-H采样函数进行参数估计。我们可以使用MH函数,它将返回一个MCMC对象。
```R
mcmc <- MH(model, n = 10000)
```
现在我们可以使用coda包中的函数来可视化后验分布、迭代轨迹和自相关作用图。首先,我们可以使用densplot函数绘制参数的后验密度图。
```R
densplot(mcmc, pars = "edges")
densplot(mcmc, pars = "mutual")
densplot(mcmc, pars = "gwesp.0.5")
```
接下来,我们可以使用traceplot函数绘制参数的迭代轨迹。
```R
traceplot(mcmc, pars = "edges")
traceplot(mcmc, pars = "mutual")
traceplot(mcmc, pars = "gwesp.0.5")
```
最后,我们可以使用acfplot函数绘制参数的自相关作用图。
```R
acfplot(mcmc, pars = "edges")
acfplot(mcmc, pars = "mutual")
acfplot(mcmc, pars = "gwesp.0.5")
```
以上是在R语言中对ergm模型利用M-H采样函数进行参数估计,并绘制参数的后验密度、迭代轨迹、自相关作用图的步骤。
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