R语言ergm模型MCMC算法进行参数估计后查看参数的后验密度、迭代图像
时间: 2023-12-19 19:04:25 浏览: 101
在R语言中,可以使用ergm包中的MCMC算法对ERGM(Exponential Random Graph Models)模型进行参数估计。对于参数估计后的结果,可以通过以下两种方式查看参数的后验密度和迭代图像。
1. 查看参数的后验密度
可以使用ergm包中的plot函数查看参数的后验密度图像。具体步骤如下:
(1)首先,使用ergm包中的ergm函数建立ERGM模型。例如,假设我们要建立一个包含三个节点的网络,使用以下代码建立ERGM模型:
```
library(ergm)
g <- network.initialize(3)
model <- ergm(g ~ edges + nodematch("factor"), control = control.ergm(MCMC.samplesize = 1000))
```
(2)使用MCMC算法进行参数估计。例如,使用以下代码进行参数估计:
```
fit <- simulate(model, nsim = 1000, seed = 123)
```
(3)使用plot函数查看参数的后验密度图像。例如,使用以下代码查看参数的后验密度图像:
```
plot(fit, "density")
```
执行以上代码后,将会在R图形界面中生成参数的后验密度图像。
2. 查看迭代图像
可以使用ergm包中的plot函数查看迭代图像。具体步骤如下:
(1)首先,使用ergm包中的ergm函数建立ERGM模型。例如,假设我们要建立一个包含三个节点的网络,使用以下代码建立ERGM模型:
```
library(ergm)
g <- network.initialize(3)
model <- ergm(g ~ edges + nodematch("factor"), control = control.ergm(MCMC.samplesize = 1000))
```
(2)使用MCMC算法进行参数估计。例如,使用以下代码进行参数估计:
```
fit <- simulate(model, nsim = 1000, seed = 123)
```
(3)使用plot函数查看迭代图像。例如,使用以下代码查看迭代图像:
```
plot(fit, "trace")
```
执行以上代码后,将会在R图形界面中生成迭代图像。
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