请帮我写一段muscle批量对比序列的代码

好的，以下是使用MUSCLE进行批量序列比对的Python代码示例：

import os

# 定义输入文件夹和输出文件夹路径
input_folder = "/path/to/input/folder"
output_folder = "/path/to/output/folder"

# 遍历输入文件夹中的所有FASTA格式文件
for file_name in os.listdir(input_folder):
    if file_name.endswith(".fasta"):
        # 拼接输入文件路径和输出文件路径
        input_path = os.path.join(input_folder, file_name)
        output_path = os.path.join(output_folder, file_name.replace(".fasta", "_aligned.fasta"))
        
        # 执行MUSCLE命令进行序列比对
        muscle_command = "muscle -in {} -out {}".format(input_path, output_path)
        os.system(muscle_command)

其中，需要将`/path/to/input/folder`和`/path/to/output/folder`替换为实际的输入文件夹和输出文件夹路径。此外，还需要确保已经正确安装了MUSCLE软件，并将其添加到系统环境变量中。

这段代码会遍历输入文件夹中的所有FASTA格式文件，并对每个文件执行MUSCLE命令进行序列比对，将比对结果保存到对应的输出文件中。比对结果文件名为原文件名加上`_aligned.fasta`后缀。