在Ubuntu20.04虚拟机上安装蛋白设计软件Rosetta，详细教程

以下是在 Ubuntu 20.04 虚拟机上安装蛋白设计软件 Rosetta 的详细教程：

1. 安装必要的软件包

首先需要安装一些必要的软件包，包括 gcc、git、cmake、python-dev 等。可以通过以下命令一次性安装：

sudo apt update
sudo apt install build-essential git cmake python-dev zlib1g-dev libboost-all-dev libbz2-dev liblzma-dev libsqlite3-dev libgoogle-perftools-dev libtbb-dev libeigen3-dev libyaml-cpp-dev

2. 下载 Rosetta

在安装之前，需要先下载 Rosetta 的源代码。可以通过以下命令从官方网站下载：

git clone https://github.com/RosettaCommons/main.git Rosetta

下载可能需要一些时间，请耐心等待。

3. 编译 Rosetta

下载完成后，进入 Rosetta 目录并创建一个 build 文件夹：

cd Rosetta
mkdir build
cd build

然后使用 cmake 生成 Makefile：

cmake ../src

生成 Makefile 后，使用 make 命令编译 Rosetta：

make -j4

这个过程可能需要几个小时才能完成，取决于你的电脑性能。

4. 运行 Rosetta

编译完成后，可以进入 Rosetta 目录的 bin 文件夹，使用以下命令来运行 Rosetta：

./rosetta_scripts.linuxgccrelease -s input.pdb -parser:protocol protocol.xml

其中 input.pdb 是你想要设计的蛋白质的 PDB 文件，protocol.xml 是你的设计协议文件。

至此，你已经成功在 Ubuntu 20.04 虚拟机上安装了 Rosetta 蛋白设计软件。