如何在blast输出结果中添加物种名称
时间: 2024-01-21 20:16:36 浏览: 100
可以通过在BLAST查询时指定物种名称来实现在输出结果中添加物种名称。具体方法为,在BLAST查询时使用`-db`参数指定物种名称,例如:
```
blastn -query query.fasta -db nt -outfmt '6 qseqid sseqid pident length mismatch gapopen qstart qend sstart send evalue bitscore staxids' -remote > blast_results.txt
```
其中`staxids`参数表示输出结果中包含查询序列和匹配序列所对应的物种编号。然后,可以使用NCBI的`E-utilities`工具将物种编号转换为物种名称。示例代码如下:
```python
from Bio import Entrez
# 设置Entrez邮箱
Entrez.email = "your_email@example.com"
# 将物种编号转换为物种名称
def get_species_name(tax_id):
handle = Entrez.efetch(db="taxonomy", id=tax_id, retmode="xml")
records = Entrez.read(handle)
return records[0]['ScientificName']
# 读取BLAST输出结果文件
with open('blast_results.txt', 'r') as f:
for line in f:
# 分割行内容
fields = line.strip().split('\t')
query_id = fields[0]
subject_id = fields[1]
species_id = fields[-1]
# 将物种编号转换为物种名称
species_name = get_species_name(species_id)
# 输出包含物种名称的结果
print(f"{query_id}\t{subject_id}\t{species_name}")
```
在上面的示例代码中,我们使用了Biopython库中的`Entrez`模块来获取物种名称。在使用该模块前,需要先设置一个有效的Entrez邮箱。然后,我们定义了一个`get_species_name`函数,该函数接受一个物种编号作为参数,并返回该物种对应的物种名称。最后,我们读取BLAST输出结果文件,将每行内容分割成不同的字段,并将物种编号转换为物种名称,最终输出包含物种名称的结果。