blast怎么设置参数比对结果最好
时间: 2023-10-05 15:08:23 浏览: 142
BLAST比对的参数设置应该根据具体的情况进行调整,以获得最好的比对结果。以下是一些常用的参数设置建议:
1. 比对算法:BLAST提供了多种比对算法,如BLASTN、BLASTP、BLASTX等。应根据待比对序列的类型选择合适的算法。
2. 数据库:BLAST支持多种数据库,如NCBI的NR、NT、Swiss-Prot、TrEMBL等。应根据待比对序列的特点和研究目的选择合适的数据库。
3. 期望的匹配程度(E-value):E-value表示期望得到一个与查询序列相似度相同或更好的比对结果的概率。通常情况下,E-value越小,比对结果越可靠。但如果设定过小的E-value,会增加假阳性的比对结果。因此,应根据实际情况进行调整。
4. 比对得分:BLAST使用预设的得分体系进行比对。比对得分越高,表示比对结果越可信。可以根据实际情况进行调整。
5. 比对的阈值:可以设置比对的阈值,只有得分高于该阈值的比对结果才会被保留。阈值设置过高会漏掉一些真实的比对结果,阈值设置过低会引入噪声。应根据实际情况进行调整。
6. 比对窗口大小:BLAST算法采用的是滑动窗口的方式进行比对,窗口大小可以影响比对结果的准确度和速度。通常情况下,较长的窗口大小可以提高准确度,但会降低比对速度。应根据实际情况进行调整。
7. 比对的字母表:BLAST默认使用标准的氨基酸或核酸字母表进行比对。但对于一些非标准的氨基酸或核酸序列,可以选择使用扩展的字母表进行比对。
需要注意的是,以上参数设置建议并不是一成不变的,具体的参数设置应该根据具体的情况进行调整,并进行多次比对和验证,以获得最好的比对结果。