blast各种参数调精度 短序列
时间: 2023-09-20 10:04:39 浏览: 54
如果您需要对短序列进行BLAST比对,可以考虑以下参数调整来提高比对的精度:
1. `-task blastn-short`:用于对相对较短的核酸序列进行比对,比默认的`blastn`更适用于短序列。例如:
```
blastn -task blastn-short -query query.fasta -db nr -out output.txt
```
2. `-word_size`:用于设置比对时匹配的最小长度。较小的`word_size`值可以提高比对的敏感度,但也会增加错误匹配的可能性。建议尝试不同的`word_size`值来寻找最佳的比对参数。
3. `-evalue`:用于设置期望的比对得分阈值。较小的`evalue`值可以提高比对的精度,但也会减少比对的数量。建议根据需要进行调整。
4. `-max_target_seqs`:用于设置最大比对序列数。较小的`max_target_seqs`值可以提高比对的精度,但也会减少比对的数量。建议根据需要进行调整。
例如,以下命令使用`blastn-short`任务、`-word_size 7`、`-evalue 0.001`和`-max_target_seqs 10`参数来比对`query.fasta`文件中的短序列:
```
blastn -task blastn-short -word_size 7 -evalue 0.001 -max_target_seqs 10 -query query.fasta -db nr -out output.txt
```
您可以根据需要尝试不同的参数值来优化比对结果。
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