blast怎么过滤短序列
时间: 2023-10-03 08:05:34 浏览: 111
可以使用BLAST的“-dust”选项来过滤短序列。DUST是一种过滤算法,用于识别和过滤掉低复杂度的序列,包括重复序列、多聚核苷酸和其他非随机序列。这些序列可能会干扰BLAST的结果,因为它们可能会在多个位置上匹配到不同的序列。
使用DUST过滤短序列的步骤如下:
1. 建立一个包含所有短序列的FASTA文件。
2. 运行BLAST命令时使用“-dust”选项,例如:blastn -dust yes -query short_sequences.fasta -db nt -out output_file.txt
这将对短序列进行DUST过滤,从而提高BLAST的结果质量。
相关问题
blast过滤短序列的参数
BLAST有一些参数可以用于过滤掉短序列,例如:
1. `-qcov_hsp_perc`:用于设置查询序列与比对结果的匹配比例。较小的`qcov_hsp_perc`值可以过滤掉匹配比例较低的结果。
2. `-dust`:用于过滤掉低复杂度序列。低复杂度序列通常由重复、简单序列或低复杂度区域组成,这些序列可能会干扰比对结果。
3. `-max_hsps`:用于设置每个查询序列最大比对次数。较小的`max_hsps`值可以过滤掉比对次数过多的结果。
4. `-max_target_seqs`:用于设置最大比对序列数。较小的`max_target_seqs`值可以过滤掉比对序列数过多的结果。
例如,以下命令使用`blastn`任务、`-qcov_hsp_perc 80`、`-dust no`、`-max_hsps 1`和`-max_target_seqs 10`参数来过滤掉短序列:
```
blastn -task blastn -qcov_hsp_perc 80 -dust no -max_hsps 1 -max_target_seqs 10 -query query.fasta -db nr -out output.txt
```
您可以根据需要尝试不同的参数值来优化比对结果。
blast查询短序列的参数
BLAST(Basic Local Alignment Search Tool)查询短序列时,建议使用以下参数:
1. Program: BLASTN
2. Database: nt(核苷酸序列数据库)
3. Word size: 7-11
4. Expect threshold: 10
5. Max target sequences: 100
6. Scoring matrix: Standard nucleotide(默认)
这些参数可用于查询长度为100bp以下的短序列。如果查询的序列长度大于100bp,则建议将Word size增加到更大的值,例如15-20。此外,还可以使用其他参数来调整BLAST查询的性能和结果。