no hits found blast比对

"No hits found" 表示在进行 BLAST 比对时没有找到任何匹配的序列，可能是因为查询序列与数据库中的序列不匹配或者查询序列本身存在问题。以下是一些可能的原因：

1. 查询序列有误：查询序列可能存在错别字、缺失片段或者格式错误等问题，需要检查查询序列是否正确无误。

2. 数据库选择错误：选择的数据库可能不包含查询序列对应的物种或者不包含与查询序列相似的序列，需要重新选择合适的数据库进行比对。

3. 比对参数设置错误：比对参数设置不合适可能会导致比对结果不准确，需要根据实际情况调整比对参数。

4. 查询序列与数据库序列不匹配：查询序列可能与数据库中的序列不匹配，需要检查查询序列和数据库序列的相似性。

如果以上方法都不能解决问题，可以考虑使用其他的比对工具或者重新准备查询序列和数据库序列。

相关问题

blast比对1500个基因用什么参数

对于BLAST比对，参数的选择应该根据具体的情况进行调整，包括待比对的序列长度、比对的数据库、比对的算法、期望的匹配程度等等。对于比对1500个基因的情况，一些常用的参数如下：

1. 比对算法选择：对于长序列或者比对的序列相似度较低的情况，可以选择BLASTN算法进行比对。对于比对的蛋白质序列，可以选择BLASTP算法进行比对。

2. 数据库选择：可以选择NCBI的NT数据库或者NR数据库进行比对。也可以根据具体的需求选择其他数据库。

3. 期望的匹配程度（E value）：E value越小，表示匹配的可信度越高。可以根据具体的需求调整E value的值。

4. 比对的阈值（cutoff）：可以设置一个比对的阈值，只有得分高于该阈值的比对结果才会被保留。

5. 多序列比对（MSA）：如果需要进行多个序列的比对，可以选择BLASTX或者TBLASTN算法进行比对。

需要注意的是，参数的选择应该根据具体的情况进行调整，不同的参数设置会对比对结果产生不同的影响。

linux blast比对输出文件的score一般是多少

Linux BLAST比对输出文件中的score值是根据比对结果计算得出的，因此其具体数值取决于所比对的两个序列的相似程度以及比对算法的具体实现。BLAST输出文件中的score值通常是非常大的正整数，表示两个序列之间的匹配得分。在BLAST输出文件中，score值是根据比对结果计算得出的，而不是预先设定的。因此，具体的score值会根据比对的序列和算法的不同而有所不同。一般来说，score值越高，表示两个序列的相似度越高。