blast怎么用 要命令

BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) 是一种在生物信息学研究中广泛使用的工具，用于在生物序列数据库中搜索相似序列。常用的BLAST命令包括：

1. 搜索核酸序列数据库：

blastn -query input.fasta -db database_name -out output.txt

2. 搜索蛋白质序列数据库：

blastp -query input.fasta -db database_name -out output.txt

3. 搜索核酸序列在蛋白质数据库中的同源序列：

blastx -query input.fasta -db database_name -out output.txt

4. 搜索蛋白质序列在核酸数据库中的同源序列：

tblastn -query input.fasta -db database_name -out output.txt

以上命令中，`input.fasta` 是输入序列文件，`database_name` 是要搜索的数据库名称，`output.txt` 是输出结果文件。还可以使用其他参数来控制BLAST的搜索行为，如设置阈值和过滤器等。

相关问题

使用makeblastdb创建blast库的命令

使用makeblastdb创建blast库的命令如下：

makeblastdb -in input.fasta -dbtype <nucl/prot> -title db_name -out db_name

其中，`input.fasta`是输入的FASTA格式文件，`<nucl/prot>`是数据库类型，可以是核酸序列(nucl)或蛋白质序列(prot)，`db_name`是数据库名称，需要自己设定，可以是任意字符串，但最好有意义，`-title`参数也需要设置为数据库名称。`-out`参数指定输出的数据库文件名，也需要与数据库名称相同。

例如，创建一个名为`test_db`的核酸序列数据库，命令如下：

makeblastdb -in test.fasta -dbtype nucl -title test_db -out test_db

执行该命令后，会生成三个文件：`test_db.nhr`, `test_db.nin`和`test_db.nsq`，分别对应blast格式库中的三个文件。

linux上blast命令

在Linux上使用blast命令，需要先安装blast软件包，具体操作如下：

1. 打开终端窗口，使用以下命令更新软件包列表：

sudo apt-get update

2. 使用以下命令安装blast软件包：

sudo apt-get install ncbi-blast+

3. 安装完成后，使用以下命令检查blast是否正常运行：

blastn -version

如果出现blastn的版本信息，则说明安装成功。

4. 使用以下命令运行blast命令：

blastn -query query.fasta -db database.fasta -out output.txt

其中，query.fasta是查询序列文件，database.fasta是参考序列文件，output.txt是输出结果文件。

以上就是在Linux上使用blast命令的基本操作流程。