若X = data.loc[:, data.columns != 'day_28_flg'] X_imputed = imputer.fit_transform(X),我该怎么改X_imputed = imputer.fit_transform(X) X_imputed = pd.get_dummies(X_imputed)
时间: 2024-02-24 13:59:28 浏览: 146
如果你的特征矩阵`X`中包含类别型特征,那么你在对`X`进行缺失值填充后,需要对类别型特征进行编码,才能使用特征选择方法。因此,你需要修改代码如下:
```python
X = data.loc[:, data.columns != 'day_28_flg']
X_imputed = imputer.fit_transform(X)
X_imputed = pd.DataFrame(X_imputed, columns=X.columns) # 将numpy数组转换为DataFrame,并设置列名
X_imputed = pd.get_dummies(X_imputed) # 对所有特征进行独热编码
selector.fit(X_imputed, y)
X_selected = X_imputed.loc[:, selector.get_support()] # 获取被选中的特征
```
其中,`columns=X.columns`是用来设置DataFrame的列名,保证特征选择后的DataFrame列名与原始的DataFrame列名一致。`X_imputed = pd.get_dummies(X_imputed)`是对所有特征进行独热编码。`X_selected = X_imputed.loc[:, selector.get_support()]`是获取被选中的特征。需要注意的是,`selector.get_support()`返回的是一个布尔型的数组,用来表示每个特征是否被选中,因此可以直接用来对DataFrame进行列索引。
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解释一下每行代码 ori_data = pd.read_csv('F:/patient.csv') ori_data.loc[:, 'id'] = ori_data.loc[:, 'patient_id'].apply(lambda x: x[:7]) index = set(ori_data['id']) column = list(ori_data.columns) del column[0] del column[-1] average = pd.DataFrame(index=index, columns=column) for k in column: result = ori_data.groupby('id')[k].mean() average.loc[:, k] = result column = list(average.columns) data = average.loc[:, column[0]:column[-3]] # 自变量 target = average.loc[:, ['TIMEsurvival', 'EVENTdeath']],
Sure, 这段代码的作用是对'F:/patient.csv'中的数据进行处理,提取出自变量和目标变量。下面分行解释每段代码的作用:
1. `ori_data = pd.read_csv('F:/patient.csv')`:从磁盘中读取'F:/patient.csv'文件中的数据,存储为一个名为ori_data的DataFrame。
2. `ori_data.loc[:, 'id'] = ori_data.loc[:, 'patient_id'].apply(lambda x: x[:7])`:在原始数据DataFrame中增加一列'id',其中每个元素为'patient_id'的前7个字符。这一步目的是为了将所有ID转换为统一的格式,方便后面的计算。
3. `index = set(ori_data['id'])`:获取所有唯一的id值,存储为一个集合。
4. `column = list(ori_data.columns)`:获取所有列名,存储为一个列表。
5. `del column[0]`:删除第一列'patient_id',因为已经用'id'列代替。
6. `del column[-1]`:删除最后一列,即'EVENTdeath',因为这一列是目标变量。
7. `average = pd.DataFrame(index=index, columns=column)`:创建一个名为'average'的DataFrame,其中行是每个病人的ID,列是每个特征的名称。
8. `for k in column: result = ori_data.groupby('id')[k].mean() average.loc[:, k] = result`:对于每一列特征,计算每个病人的平均值,并将这些平均值存储在'average' DataFrame中。
9. `column = list(average.columns)`:获取'average' DataFrame中所有列的名称,存储为一个列表。
10. `data = average.loc[:, column[0]:column[-3]]`:从'average' DataFrame中提取自变量,即所有特征列,除了最后两列'TIMEsurvival'和'EVENTdeath'。
11. `target = average.loc[:, ['TIMEsurvival', 'EVENTdeath']]`:从'average' DataFrame中提取目标变量,即最后两列'TIMEsurvival'和'EVENTdeath'。
逐行解释这段代码 column = list(average.columns) data = average.loc[:, column[0]:column[-3]] # 自变量 target = average.loc[:, ['TIMEsurvival', 'EVENTdeath']] for i in range(1, 101): X_train, X_test, y_train, y_test = train_test_split(data, target, test_size=0.3, random_state=i) # feature = Spearman(X_train, 0.85) #spearman第一行 # feature = list(feature['feature']) #spearman第二行 # X_train = X_train.loc[:, feature] #spearman第三行 train_index = X_train.index train_column = X_train.columns zscore_scaler = preprocessing.StandardScaler() X_train = zscore_scaler.fit_transform(X_train) X_train = pd.DataFrame(X_train, index=train_index, columns=train_column) # X_test = X_test.loc[:, feature] #spearman第四行 test_index = X_test.index test_column = X_test.columns X_test = zscore_scaler.transform(X_test) X_test = pd.DataFrame(X_test, index=test_index, columns=test_column) train = pd.concat([X_train, y_train], axis=1)
这段代码主要是对数据进行预处理和分割,具体解释如下:
1. `column = list(average.columns)`:将 `average` 数据的列名转换成列表形式,并赋值给 `column`。
2. `data = average.loc[:, column[0]:column[-3]]`:从 `average` 数据中选取所有行和 `column[0]` 到 `column[-3]` 列的数据,赋值给 `data`。这里的 `column[-3]` 表示从最后一列开始往前数第三列。
3. `target = average.loc[:, ['TIMEsurvival', 'EVENTdeath']]`:从 `average` 数据中选取所有行和 `TIMEsurvival'` 以及 `'EVENTdeath'` 两列的数据,赋值给 `target`。这里的 `TIMEsurvival` 表示存活时间,`EVENTdeath` 表示是否死亡。
4. `for i in range(1, 101):`:循环 100 次,每次循环都进行一次数据分割和预处理的操作。
5. `X_train, X_test, y_train, y_test = train_test_split(data, target, test_size=0.3, random_state=i)`:使用 `train_test_split` 方法将 `data` 和 `target` 数据集分别划分为训练集和测试集,其中测试集占 30%,`random_state=i` 表示每次随机划分的结果都是相同的,以保证实验结果可重复。
6. `train_index = X_train.index` 和 `train_column = X_train.columns`:将训练集中的行和列名分别赋值给 `train_index` 和 `train_column` 变量。
7. `zscore_scaler = preprocessing.StandardScaler()`:实例化 `StandardScaler` 类,即进行 Z-score 标准化的对象。
8. `X_train = zscore_scaler.fit_transform(X_train)`:对训练集进行 Z-score 标准化处理。
9. `X_train = pd.DataFrame(X_train, index=train_index, columns=train_column)`:将标准化后的训练集数据转换为 DataFrame 格式,并将行和列名分别设置为 `train_index` 和 `train_column`。
10. `test_index = X_test.index` 和 `test_column = X_test.columns`:将测试集中的行和列名分别赋值给 `test_index` 和 `test_column` 变量。
11. `X_test = zscore_scaler.transform(X_test)`:对测试集进行 Z-score 标准化处理。
12. `X_test = pd.DataFrame(X_test, index=test_index, columns=test_column)`:将标准化后的测试集数据转换为 DataFrame 格式,并将行和列名分别设置为 `test_index` 和 `test_column`。
13. `train = pd.concat([X_train, y_train], axis=1)`:将标准化后的训练集数据和目标变量 `y_train` 沿列方向合并,形成新的训练集 `train`。
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