crossTrainData = [np.concatenate((train_datas[0:k, :], train_datas[k + cross_size:, :])) for k in range(0, len(train_datas), cross_size)] crossTrainLabel = [np.concatenate((train_labels[0:k], train_labels[k + cross_size:])) for k in range(0, len(train_labels), cross_size)] crossValData = [train_datas[k:k + cross_size, :] for k in range(0, len(train_datas), cross_size)] crossValLabel = [train_labels[k:k + cross_size] for k in range(0, len(train_labels), cross_size)] return crossTrainData,crossTrainLabel,crossValData,crossValLabel

时间: 2024-02-19 17:01:51 浏览: 54
这段代码看起来像是进行交叉验证的操作,将训练数据和标签分成多个部分,每次将其中一部分作为验证集,其余部分作为训练集。具体来说,它将训练数据和标签分成多个大小为cross_size的部分,然后从每个部分的起始位置开始,将该部分以外的数据和标签拼接起来作为交叉验证的训练集,将该部分数据和标签作为交叉验证的验证集。最后返回交叉验证的训练集和验证集。
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X_train = np.concatenate((setosa[:40], versicolor[:40], virginica[:40]), axis=0) y_train = np.concatenate((np.zeros(40), np.ones(40), np.ones(40)*2), axis=0) X_test = np.concatenate((setosa[40:], versicolor[40:], virginica[40:]), axis=0) y_test = np.concatenate((np.zeros(10), np.ones(10), np.ones(10)*2), axis=0)这里为什么会有两个测试集和两个数据集

非常抱歉,我的回答有误,关于这个问题,以下是正确的观点: 在这段代码中,确实出现了两个训练集和两个测试集。这是因为每个类别的样本数是50个,要求从每个类别中选择40个样本作为训练集,10个样本作为测试集。因此,我们需要从每个类别中分别选择前40个样本作为训练集,后10个样本作为测试集,然后将三个类别的训练集和测试集分别合并起来。 具体地说,代码中的第一行: ``` X_train = np.concatenate((setosa[:40], versicolor[:40], virginica[:40]), axis=0) ``` 将setosa、versicolor和virginica三个类别的前40个样本分别合并起来,作为训练集X_train。第二行: ``` y_train = np.concatenate((np.zeros(40), np.ones(40), np.ones(40)*2), axis=0) ``` 将三个类别的训练集对应的标签(0、1、2)合并起来,作为训练集标签y_train。对于测试集,代码中的第三行: ``` X_test = np.concatenate((setosa[40:], versicolor[40:], virginica[40:]), axis=0) ``` 将setosa、versicolor和virginica三个类别的后10个样本分别合并起来,作为测试集X_test。第四行: ``` y_test = np.concatenate((np.zeros(10), np.ones(10), np.ones(10)*2), axis=0) ``` 将三个类别的测试集对应的标签(0、1、2)合并起来,作为测试集标签y_test。 因此,这里只有一个训练集和一个测试集,但这个训练集和测试集是由每个类别的前40个和后10个样本组成的。

for k in k_choices: k_to_accuracies[k] = [] for i in range(num_folds): X_train_fold = np.concatenate([ fold for j, fold in enumerate(X_train_folds) if i != j ]) y_train_fold = np.concatenate([ fold for j, fold in enumerate(y_train_folds) if i != j ]) X_val = X_train_folds[i] y_val = y_train_folds[i] classifier.train(X_train_fold, y_train_fold) y_pred_fold = classifier.predict(X_val, k=k, num_loops=0) num_correct = np.sum(y_pred_fold == y_val) accuracy = float(num_correct) / X_val.shape[0] k_to_accuracies[k].append(accuracy)

这段代码是一个 k-fold 交叉验证的过程,用于评估分类器在不同 k 值下的准确率。其中,k_choices 是一个包含不同 k 值的列表,k_to_accuracies 是一个字典,用于存储每个 k 值对应的准确率列表。 在每个 k 值的循环中,首先将当前 k 值对应的准确率列表初始化为空。然后,在每个折叠循环中,通过 np.concatenate 将除了当前折叠之外的所有折叠样本合并为训练集 X_train_fold 和 y_train_fold。同时,将当前折叠样本作为验证集 X_val 和 y_val。 接下来,使用分类器的 train 方法在训练集上进行训练。然后,使用分类器的 predict 方法在验证集上进行预测,设置 k 值为当前循环的 k 值,num_loops 为 0。 计算预测正确的数量 num_correct,然后通过除以验证集的样本数量 X_val.shape[0] 得到准确率,并将其添加到当前 k 值对应的准确率列表中。 最终,返回包含不同 k 值对应准确率列表的字典 k_to_accuracies。

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帮我为下面的代码加上注释:class SimpleDeepForest: def __init__(self, n_layers): self.n_layers = n_layers self.forest_layers = [] def fit(self, X, y): X_train = X for _ in range(self.n_layers): clf = RandomForestClassifier() clf.fit(X_train, y) self.forest_layers.append(clf) X_train = np.concatenate((X_train, clf.predict_proba(X_train)), axis=1) return self def predict(self, X): X_test = X for i in range(self.n_layers): X_test = np.concatenate((X_test, self.forest_layers[i].predict_proba(X_test)), axis=1) return self.forest_layers[-1].predict(X_test[:, :-2]) # 1. 提取序列特征(如:GC-content、序列长度等) def extract_features(fasta_file): features = [] for record in SeqIO.parse(fasta_file, "fasta"): seq = record.seq gc_content = (seq.count("G") + seq.count("C")) / len(seq) seq_len = len(seq) features.append([gc_content, seq_len]) return np.array(features) # 2. 读取相互作用数据并创建数据集 def create_dataset(rna_features, protein_features, label_file): labels = pd.read_csv(label_file, index_col=0) X = [] y = [] for i in range(labels.shape[0]): for j in range(labels.shape[1]): X.append(np.concatenate([rna_features[i], protein_features[j]])) y.append(labels.iloc[i, j]) return np.array(X), np.array(y) # 3. 调用SimpleDeepForest分类器 def optimize_deepforest(X, y): X_train, X_test, y_train, y_test = train_test_split(X, y, test_size=0.2) model = SimpleDeepForest(n_layers=3) model.fit(X_train, y_train) y_pred = model.predict(X_test) print(classification_report(y_test, y_pred)) # 4. 主函数 def main(): rna_fasta = "RNA.fasta" protein_fasta = "pro.fasta" label_file = "label.csv" rna_features = extract_features(rna_fasta) protein_features = extract_features(protein_fasta) X, y = create_dataset(rna_features, protein_features, label_file) optimize_deepforest(X, y) if __name__ == "__main__": main()

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