ValueError: could not convert string to float: 'RESULT:'
时间: 2023-10-18 19:40:55 浏览: 33
这个错误通常表示在解析AutoDock Vina的输出文件时出现了问题。根据错误信息,它无法将字符串"RESULT:"转换为浮点数。
这可能是因为在提取对接分数时,代码假设"REMARK VINA RESULT:"后面的字符串是浮点数,但实际上它可能包含其他内容。
为了解决这个问题,你可以修改代码以更准确地提取对接分数。以下是一个更新的示例代码:
```python
def extract_scores(filename):
scores = []
with open(filename, 'r') as file:
for line in file:
if line.startswith('REMARK VINA RESULT:'):
parts = line.split()
try:
score = float(parts[3])
scores.append(score)
except ValueError:
print(f"Error parsing score on line: {line}")
return scores
# 提取对接分数
scores = extract_scores('output.pdbqt')
# 打印对接分数
for i, score in enumerate(scores):
print(f'Docking score for ligand {i+1}: {score}')
```
在上面的代码中,我们首先将行拆分为部分(通过使用`split()`函数),然后尝试将第四个部分(`parts[3]`)转换为浮点数。如果无法转换,就会捕获`ValueError`并打印出错误消息。
这样可以避免在无法正确解析对接分数时引发异常,并允许你查看具体出错的行。
希望这可以解决你遇到的问题!如果还有其他问题,请随时提问。