取出文件at_ genomic partial . gff .gz中类型是mRNA的行，按序列起始位置( 第4列)从大到小排序(反序)，并将结果写入到本目录下的文件mRNA sorted中 。

在Unix/Linux或使用Bash shell命令行环境下，你可以使用`gunzip`解压`.gff.gz`文件，然后通过`grep`筛选出类型为mRNA的行，接着利用`sort`命令按照第4列（假设列为文本型，如果它是数字则需要加上 `-k` 参数指定数字索引）降序排列，最后将结果重定向到新文件`mRNA_sorted`。以下是具体的步骤：

# 首先解压缩文件
gunzip at_genomic_partial.gff.gz

# 然后使用 grep 查找 mRNAs 并输出到临时文件
grep -E '^##sequence-region.*mRNA' at_genomic_partial.gff > mRNA_temp.txt

# 接着使用 sort 按照第4列降序排列，并保存到最终文件
sort -k4nr mRNA_temp.txt > mRNA_sorted.txt

# 清理临时文件
rm mRNA_temp.txt

# 如果文件不需要gzip，可以跳过这一步。如果需要，可以使用 gzip 压缩结果
# gzip mRNA_sorted.txt

请注意，这里的操作假设`grep`能够找到正确的行并匹配类型为'mRNA'的部分。如果`.gff`文件的格式有特定的标记或格式要求，可能需要调整正则表达式。

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ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCF/000/001/405/GCF_000001405.39_GRCh38.p13/GCF_000001405.39_GRCh38.p13_genomic.gff.gz

根据提供的引用内容，您提到了一个FTP链接：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCF/000/001/405/GCF_000001405.39_GRCh38.p13/GCF_000001405.39_GRCh38.p13_genomic.gff.gz。这是一个基因组注释文件（GFF文件）的链接。GFF文件是一种常用的基因组注释文件格式，用于描述基因组的结构和功能信息。

要使用该链接下载GFF文件，您可以使用FTP客户端或命令行工具，如wget或curl。以下是使用wget命令下载GFF文件的示例：

wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCF/000/001/405/GCF_000001405.39_GRCh38.p13/GCF_000001405.39_GRCh38.p13_genomic.gff.gz

请注意，您需要确保您的计算机上已安装wget或curl，并且具有访问该FTP链接的权限。

fCountsList = featureCounts("parv1.sorted.bam","genomic.gff",nthreads=nthreads, isPairedEnd=FALSE)

这段代码的作用是使用featureCounts函数计算基因组注释文件`genomic.gff`中的基因或外显子的计数。这个函数需要两个必需的参数：一个是对齐的BAM文件的路径，另一个是注释文件的路径。其中`nthreads`参数指定了使用的线程数，`isPairedEnd`参数指定了数据是否是配对末端测序数据。这个函数将返回一个包含计数的列表，可以通过下标或名称访问。如果您得到了一个错误，请检查传递给函数的参数是否正确，并确保文件存在且可读。