编写一个python函数,给定一个DNA序列,该函数可检测序列中是否存在大小为k的重复子序列(其中k应该作为参数传递给函数)。结果是一个字典,以子序列作为键,以它们的频率作为值。必须用BoyerMoore算法查询子序列,计数可以不用!
时间: 2024-09-28 17:05:21 浏览: 25
要编写一个Python函数,使用Boyer-Moore字符串搜索算法来检测DNA序列中的重复子序列,你可以首先了解Boyer-Moore算法是一种快速的字符串查找算法,它通过跳过已知不匹配字符来加速搜索过程。对于这个问题,我们并不直接应用Boyer-Moore算法,因为其主要用于在一个大型文本串中查找单个模式串,而这里我们需要找出所有长度为k的重复子序列并计算频率。
下面是一个简单的实现思路:
```python
def find_k_length_repeats(dna_sequence, k):
# 初始化结果字典
repeat_counts = {}
# 将DNA序列转换为小写,方便比较
dna_sequence = dna_sequence.lower()
for i in range(len(dna_sequence) - k + 1): # 遍历每个长度为k的子序列
subseq = dna_sequence[i:i+k]
# 检查subseq是否已经存在于字典中
if subseq in repeat_counts:
# 如果存在,增加计数
repeat_counts[subseq] += 1
else:
# 否则,添加新项并将计数设为1
repeat_counts[subseq] = 1
return repeat_counts
# 示例使用
dna_seq = "ATCGATCGTCGTACG"
k = 4
result = find_k_length_repeats(dna_seq, k)
print("重复子序列及其频率:", result)
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