使用SimpleITK读取和保存NIfTI/DICOM文件实例_simpleitk读取nii教程

SimpleITK

Nii.gz文件

12 浏览量更新于2023-03-16 评论收藏 40KB PDF 举报

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使用使用SimpleITK读取和保存读取和保存NIfTI/DICOM文件实例文件实例

主要介绍了使用SimpleITK读取和保存NIfTI/DICOM文件实例，具有很好的参考价值，希望对大家有所帮助。一

起跟随小编过来看看吧

我就废话不多说了，大家还是直接看代码吧~

## using simpleITK to load and save data.

import SimpleITK as sitk

itk_img = sitk.ReadImage('./nifti.nii.gz')

img = sitk.GetArrayFromImage(itk_img)

print("img shape:",img.shape)

## save

out = sitk.GetImageFromArray(img)

# # out.SetSpacing(itk_img.GetSpacing())

# # out.SetOrigin(itk_img.GetOrigin())

sitk.WriteImage(out,'simpleitk_save.nii.gz')

读取读取DICOM序列序列

import sys

import SimpleITK as sitk

import numpy as np

dcm_directory = "./flair_dicom"

series_ids = sitk.ImageSeriesReader.GetGDCMSeriesIDs(dcm_directory)

print("series ids:",series_ids)

if not series_ids:

print("ERROR: given directory dose not a DICOM series.")

sys.exit(1)

series_file_names = sitk.ImageSeriesReader.GetGDCMSeriesFileNames(dcm_directory,series_ids[0])

series_reader = sitk.ImageSeriesReader()

series_reader.SetFileNames(series_file_names)

image3D = series_reader.Execute()

size = image3D.GetSize()

print( "Image size:", size[0], size[1], size[2] )

image_array = sitk.GetArrayFromImage(image3D)

# SimpleITK读取的图像数据的坐标顺序为zyx，即从多少张切片到单张切片的宽和高；

# 而据SimpleITK Image获取的origin和spacing的坐标顺序则是xyz

origin = image3D.GetOrigin()

spacing = image3D.GetSpacing()

print("origin:",origin," spacing:",spacing)

读取读取DICOM单个文件单个文件

import SimpleITK as sitk

import numpy as np

image = sitk.ReadImage(slice_path)

image_array = sitk.GetArrayFromImage(image) # z, y, x

补充知识：补充知识：itk 读取图像，两种格式之间转换读取图像，两种格式之间转换

我就废话不多说了，大家还是直接看代码吧~

/*******************************************************

控制台运行程序

输入：

程序名称

读取图像文件名

保存图像文件名

输出：

保存另一种类型的图像

功能：

图像在jpeg和bmp两种格式之间互换

********************************************************/

#include "itkImageFileReader.h"

#include "itkImageFileWriter.h"

#include "itkImageIOFactory.h"

#include "itkBMPImageIOFactory.h"

#include "itkJPEGImageIOFactory.h"

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python读取nifti数据

cornerstone3d读取nifti格式数据

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python代码用直方图均衡化来处理nii文件

详细介绍一下simpleitk库

simpleITK的功能

python批量处理dicom转nii

详细介绍一下SimpleITK.ReadImage及其参数

simpleitk 配准

ITK-SNAP保存

用python写一段代码，将nrrd格式、dicom格式的文件转换为nii格式

im = im[:, 0, :, :] image_nii = sitk.GetImageFromArray(im.cpu()) train_img_path = os.path.join(save_results_data,"train/img") sitk.WriteImage(image_nii, os.path.join(train_img_path, "UNet_" + str(name[0]) + '.nii.gz'))

请给出基于vtk、simpleITK、和pyqt5库实现读取nii.gz医学影像数据，并且能够3D影像数据展示的python代码

mricron批量转化dicom为nii bvec

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