"本教程详细介绍了如何安装和优化CP2K 4.1及5.x-development版本,这两个版本支持MPI和OPENMP并行计算,提供了显著的加速效果。教程由甄江苏于2017年7月13日制作,测试版本为Developmentr17978,包含大量新功能、性能优化和错误修复。推荐用户安装最新版CP2K,特别是对于5.x-development,建议编译为多进程多线程(host.psmp)版本。在28核的至强E5-2690@v4服务器上,采用14核2线程运行AIMD时,优化后的CP2K性能提升超过12%。然而,多线程的加速效果可能因机器配置而异,需要用户自行测试。尽管最新版的k点计算速度较旧版本略有下降,但整体性能和稳定性得到了显著提升。" 本文档详细阐述了如何安装和配置CP2K,一个用于量子力学和经典分子动力学模拟的开源软件。CP2K 4.1及5.x-development版本支持并行计算,利用MPI(Message Passing Interface)进行多进程通信,同时结合OPENMP实现多线程,以充分利用现代高性能计算平台的计算能力。MPI是分布式内存并行计算的标准,而OPENMP则适用于共享内存环境下的并行处理。 在选择安装版本时,作者建议对于4.1-release,应编译为多进程单线程(host.popt)版本;而对于5.x-development,推荐编译为多进程多线程(host.psmp)版本,以利用更高效的并行计算。根据测试,5.x-development在特定硬件配置下表现出良好的性能提升,特别是在AIMD任务中。然而,多线程的加速效果并非固定不变,需要根据实际的处理器核心数量和线程配置进行调整,以达到最优性能。 作者在不同配置的服务器上进行了测试,发现在28核机器上,14核2线程配置表现最佳。而在24核机器上,多线程可能无法带来预期的加速效果,这提示我们并行计算的优化需要考虑硬件的具体情况。此外,作者指出最新版CP2K的k点计算速度虽然有所下降,但这是由于修复和改进导致的,整体性能和计算准确性得到了提升。 该教程提供了一个详尽的步骤,指导用户安装和优化CP2K,以利用最新的并行计算技术提高计算效率。用户应根据自己的硬件配置和计算需求,灵活调整并行策略,以最大化CP2K的性能。
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