消减基因组学发现杆状巴尔通体药物靶点和疫苗

医学信息学解锁20（2020）100385利用消减基因组学方法寻找人杆状巴尔通体马里兰州Tahsin Khana，Araf Mahmud a，Asif Iqbal a，Syeda Farjana Hoqueb，Mahmudul Hasan b，*aShahjalal科技大学遗传工程和生物技术系，锡尔赫特，3114，孟加拉国b锡尔赫特农业大学制药和工业生物技术系，锡尔赫特，3100，孟加拉国A R T I C L EI N FO保留字：卡里翁氏病（Carrio'n疫苗A B S T R A C T杆菌形巴尔通体（Bartonellabacilliformis）是巴尔通体病（Bartonellosis）或卡里翁氏病（Cario'n'sdisease）的病原体，已对抗菌药物产生耐药性.为了提出有效的新型药物靶点，我们采用了一种全面的计算机消减基因组方法对B. 杆状亚种版本097。不同的生物信息学工具和在线服务器，用于确定病原体的人类同源蛋白，以及与病原体和宿主的共同代谢途径只有7种蛋白质与病原体特异性途径相关进一步筛选以确定药物或疫苗靶向的膜蛋白。‘ABC transporter permease 此外，vancy与其他杆状巴尔通体菌株。因此，它可能用于开发新的药物和治疗成分，用于成功治疗由杆状巴尔通体引起的感染。1. 介绍巴尔通体 杆状的 是 革兰氏阴性， 细胞内的，兼性的，需氧菌[1]，是α-2亚群变形杆菌属的一员，是人类卡氏病的病原体。该病原菌通过3-[2]的文件。据报道，Carrio'n然而，秘鲁被认为是巴尔通体病最重要的流行地区[5]。唯一的这种病原体已知天然宿主是人类。据信，杆菌型巴尔通体通过白蛉、疣状路蝇以及其他可能密切相关的白蛉的叮咬传播[4]。腐肉通常是一种以结节性皮肤糜烂为特征的非致命性形式，另一种是Oroya热，一种在缺乏或延迟抗生素治疗时经常致命的疾病[2]。一般来说，持续3-6个月，并产生疣状血管瘤样病变由于细菌进入了内皮细胞，皮肤和粘膜中的细菌也被感染。病变分为粟粒性（直径小于3 mm的红色小丘疹）、斑疹性（直径大于5 mm的结节性肿瘤）和弥漫性真皮下结节[6]。然而，Oroya热，常见于儿童[8]，是一种危及生命的急性期，由于红细胞中的细菌进入，红细胞被脾脏破坏[7]，未经治疗时死亡率高（高达88%）[8]。除发热外，全身不适、肌痛、头痛、肝/脾肿大、苍白、黄疸是该阶段的主要症状[3]。一些患者可能由于脓毒症状态而出现一过性免疫抑制，这可能导致其他机会性感染的发作;例如，支原体病、结核病、沙门氏菌病、疟疾、志贺氏菌病、组织胞浆菌病和念珠菌病阶段[3，9，10]。大多数引起感染和疾病的病原体对一种以上的药物具有耐药性[11]。虽然以前的研究表明，大多数巴尔通体属的物种，包括B。尽管杆菌对多种抗生素如β-内酰胺类、氨基糖苷类、氯霉素、利福平、大环内酯类、四环素类、复方磺胺甲恶唑、氟喹诺酮类[12]和庆大霉素[1]高度敏感，但仍存在产生抗生素耐药性的潜在风险。临床实验中的杆状菌。例如，一些体外研究表明，B。芽孢杆菌获得染色体突变，导致高水平的抗生素耐药性[13，14]。缺乏对B. 芽孢杆菌基因组结构是开发物种特异性新治疗化合物和疫苗候选物的障碍[5]。* 通讯作者。电子邮件地址：mhasan.pib@sau.ac.bd（M.Hasan）。https://doi.org/10.1016/j.imu.2020.100385接收日期：2020年5月22日;接收日期：2020年6月20日;接受日期：2020年2020年6月24日在线提供2352-9148/©2020的 自行发表通过Elsevier 公司这是一个开放接入文章下的CCBY-NC-ND许可证（http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/）中找到。可在ScienceDirect上获得目录列表医学信息学期刊主页：http://www.elsevier.com/locate/imu医学博士 Khan等人医学信息学解锁20（2020）1003852计算生物学的巨大进步和多样化的生物信息学应用在药物设计领域取得了巨大进步，减少了湿实验室筛选花费的时间和成本，成功开发药物所需的体内试验[15生物素-基于形成学的分析通常采用替代方法来鉴定药物或疫苗候选物、设计基于结构的药物分子、筛选再利用药物的潜力、分析宿主病原体相互作用、研究新建议的治疗剂的药物相似性、允许基于基因组的比较研究以鉴定宿主特异性药物靶标等，并且这些方法减少传统的实验室实验研究[18消减基因组学方法现在被优先用于分析宿主和病原体的整个蛋白质组，以通过减去宿主同源蛋白质来鉴定仅存在于病原体基因组中的具有不同治疗属性的蛋白质。蛋白质[21，22]。近年来，许多研究采用消减基因组学方法对几种致病菌株进行了鉴定，并报道了成功的鉴定结果。物种特异性新治疗靶点的形成和识别[23核心基因的突变趋异分析揭示了B. bacilliformis [27，28].本研究应用差减蛋白质组学方法对巴尔通体的全蛋白质组进行了研究。版本097。几个计算机-传统的软件，工具和在线数据库被用来优先考虑蛋白质是必不可少的，并发挥重要作用的生存，病原体除了宿主同源性之外，仅病原体特异性蛋白被列入候选名单，以跳过宿主蛋白对治疗剂的无意阻断，并涉及宿主代谢。候选蛋白的亚细胞定位被预测为识别膜蛋白，并且这些蛋白作为现有药物靶标的缺失揭示了它们的新颖性和潜力，这将促进病原体特异性的新型广谱抗菌化合物的开发。优先考虑抗原性膜蛋白以帮助针对杆状巴尔通体的亚单位疫苗开发。2. 材料和方法利用差减基因组技术对巴尔通体的蛋白质组进行了分析。Ver097来鉴定作为潜在的新药物靶点和疫苗候选物的免疫原性蛋白质。本研究的总体工作流程如图所示。1.一、2.1. 完整蛋白质组的检索（Set0）B.杆状亚种从NCBI基因组数据库（ https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome ） 检 索 ver097 （ 组 件GCF_000709795.1）。Fig. 1. 本研究中采用的总体工作流程示意图。医学博士 Khan等人医学信息学解锁20（2020）1003853��2.2. 旁系同源序列的鉴定（Set1）从B.杆状亚种ver 097蛋白质组，将set 0的蛋白质序列进行CD-Hit套件[29]。通过该程序将截止分数设定为0.6（60%序列同一性）以消除冗余序列。具有超过60%同一性的旁系同源蛋白从集合0中排除。 此外，蛋白质<从集合0中排除100个氨基酸其余蛋白质被列为非旁系同源蛋白质序列的集合12.3. 与人蛋白质组非同源的蛋白质序列的鉴定（Set2）该步骤的目的是避免与人蛋白质组的功能相似性，以防止治疗化合物与宿主同源蛋白质的活性位点结合。使用针对Enhancement基因组数据库中的人（Homo sapiens）Refseq蛋白质组的BLASTp分析病原体的非旁系同源蛋白质[30]。病原体的蛋白质被认为是宿主同源蛋白质，如果任何显著的话。发现命中高于阈值10-4这些同源亲-将蛋白质过滤，而非同源蛋白质列为SET 2。2.4. 必需非同源蛋白的鉴定（第3组）set2中列出的病原体的宿主非同源蛋白是必需基因数据库（DEG）[31]。通过选择DEG 15.2服务器中存在的所有生物体菌株，使用阈值10- 10和最小比特分数100来执行，参数 蛋白 击中 预期值为10~ 100，同源性25%的蛋白列在set 3中，认为它们是病原体的必需蛋白。必需基因的产物构成了一个最小的基因组，细菌，在合成生物学领域发挥关键作用[32]。2.5. 代谢途径分析（Set 4-a和Set 4-b）B.代谢途径杆状亚种通过KEGG服务器对ver097进行人体代谢途径分析[33]。KEGG是京都基因和基因组百科全书，包含生物体中存在的完整代谢途径B.所有代谢途径bacilliformis和H.从KEGG PATHWAY数据库[ 34 ]中检索sapiens（宿主），通过它们各自的三个字母KEGG微生物代码;'bbk '代表B。bacilliformis和'hsa '为H. 智人独特的代谢途径，只存在于病原体中，被识别-通过比较宿主的代谢途径来确定。病原体的其余途径被归为常见途径，因为这些途径存在于宿主代谢中鉴定了B. 杆状的亚种ver097通过KAAS服务器进行BLASTp[35]在KEG数据库。仅涉及病原体特异性途径的蛋白质被列为set 4-a用于进一步分析，而排除了涉及常见代谢途径的蛋白质。 KEGG正交（KO）分配指示代谢蛋白，而KAAS服务器产生代谢蛋白的KEGG途径。没有KO分配的蛋白质被列为集合4-b。2.6. set 4-a的亚细胞定位预测B.杆状亚种ver097是革兰氏阴性细菌。因此，该生物体的蛋白质可以从五个可行的亚细胞位置分类。这些位置是1）细胞质，2）内膜，3）周质，4）外膜，和5）细胞外空间。细胞质蛋白可以被认为是推定的药物靶标，而膜蛋白可以被认为是潜在的药物靶标和疫苗候选物。为了预测集合4-a的入围蛋白质的亚细胞定位，采用了三种不同的服务器：PSORTb v3.0.2服务器[36] 、CELLO v.2.5服务器[37] 和ngsort 服务器[38]。[38].仅计算相应位置的最佳得分，并且通过考虑通过所有三个服务器或至少任何两个服务器生成的相同位置预测来最终确定每种蛋白质的定位。考虑到两者都是潜在的药物靶标和疫苗候选物，仅选择膜蛋白（集合5）用于进一步分析。2.7. 通过筛选和可药性分析鉴定新型药物靶标（Set 6-a和Set 6-b）通过DrugBank筛选set5的膜蛋白5.1.0数据库[39]使用默认参数检查蛋白质作为药物靶点的新颖性。显示显著命中阈值参数以上的受试蛋白与已经处理的药物靶标指示相同的功能。因此，这些蛋白质被列为可药用靶标（set 6-a）。相反，缺乏特定蛋白质序列的药物条目表明其作为药物靶标的新颖性。只有这些蛋白质列在set 6-b中用于进一步分析。2.8. ‘Anti-target设计用于结合和抑制病原体中存在的蛋白质的作用的药物或治疗化合物可以与宿主的一些关键蛋白质对接，在宿主中发挥药理学作用这些宿主的蛋白质被称为“抗靶”。在人类中，包括ether-a-go-go相关基因（hGER）、P-糖蛋白（P-gp）、前基因X受体（PXR）和组成型雄烷受体（CAR）。此外，一些膜受体，如多巴胺能D2、肾上腺素能α1a、多巴胺能5-HT2C和毒蕈碱M1也被列为“抗靶点”。文献中共报告了210种“抗靶标”及其登录号[ 40 ]。相应蛋白质从NCBI蛋白质数据库中获取序列，这些登录号在“补充文件S1”中提供。在NCBI blast程序中针对这些人“抗靶标”对新型药物靶标进行BLASTp分析<，将E值0.005、查询长度> 30%、同一性25%设定为参数<。显示25%同一性的蛋白质被列为集合7。2.9. 抗原性预测（Set8）亚单位疫苗的设计在很大程度上取决于蛋白质序列的抗原性。使用0.4的阈值通过VaxiJen v2.0服务器[41]筛选新型药物靶蛋白。这个服务器显示了来自set7的可能的抗原蛋白。免疫优势肽可以通过不同的方法计算工具来设计基于肽的疫苗。显示命中>0.4的蛋白质被列为集合8用于保护分析。2.10. 预测序列与其他菌株预测序列与其他经典菌株的保守性模式对于确定整个同源细菌群落中的药物谱范围至关重要。通过NCBI服务器的BLASTp套件进行预测的药物靶序列的保守性分析。这里，在进行蛋白质-蛋白质BLAST的情况下，除了生物体选项中的杆状巴托氏菌3. 结果和讨论抗B. 杆状亚种本研究以ver097为主要研究对象，利用多种在线数据库和计算工具，采用差减基因组方法对整个蛋白质组进行了研究。本研究的简要见解和结果见表1。医学博士 Khan等人医学信息学解锁20（2020）1003854表1消减基因组分析方案鉴定新的抗B. 杆 状 的。3.4. 病原体特异性途径蛋白大约有325种人类代谢途径， 杆状的SL.号生物信息学服务器和工具使用的减法方法许多蛋白质亚种从KEGG数据库检索ver097特异性95种代谢途径。比较这95种途径，24种仅存在于1整个蛋白质组B.杆状亚种ver0972删除非旁系同源（>60%相同）和较小NCBI数据库1097CD-HitSuite 100病原体，因此被称为病原体特异性独特途径（在补充表1中提供）。仅参与病原体特异性途径的蛋白被认为用于筛选潜在的新的治疗目标该病原体的所有114种必需蛋白质都是蛋白质（>100个氨基酸）3非同源蛋白质H. 智人BLASTp（E值10- 3）603通过KAAS服务器筛选，82种蛋白质被指定为具有特定代谢途径的KO。在82种蛋白质中，4必需蛋白质DEG 15.2服务器（E值�10-100，位值>100）114参与共同的途径，因此，排除，以避免交叉-与人类途径的反应性，只留下7种蛋白质，5仅参与独特代谢途径的必需蛋白质5蛋白质分配为KO（KEGGOrthology），但在任何KAAS在KEGG 7KEGG矫形27参与了独特的途径。这7种蛋白质列在Set 4-a中（见表2），在我们的研究中，仅Set 4-a蛋白质用于鉴定新的药物靶标和疫苗候选物在114种蛋白质中，27种蛋白质不参与任何代谢，途径6必需膜蛋白质PSORTb、CELLO、ngs47途径，尽管这些被指定为KO（在表3中表示）。这些关键蛋白质可作为未来可能的治疗靶点发现的必需蛋白质推荐数据库中的小说8与“抗靶标”非同源的新型药物靶标蛋白9显示抗原性DrugBank 5.1.0（使用2默认参数）使用BLASTp（E值20.005，同一性25%，查询长度>30%）VaxiJen v2.0（阈值2值>0.4）{2}由于这些蛋白质成功通过了宿主非同源性筛选，并被发现是生存所必需的。114个蛋白质中只有5个蛋白质没有被指定为KO，这意味着它们不参与病原体和宿主的任何代谢途径。这5种蛋白质在表4中提供并作为set 4-b列出10高度保守蛋白13.1. 排除旁系同源序列B.杆状亚种Ver097含有1097个蛋白质。利用CD-Hit服务器进行同源序列的筛选。服务器共报告了8个旁系同源集群，set0蛋白。删除相似性>留下1087个蛋白质序列为非旁系同源的。此外，从1087个非旁系同源蛋白质序列中排除了含有100个氨基酸的总蛋白质，假设这些较小的蛋白质不太可能代表必要性[42，43]。在序列中含有100个氨基酸的总共997个非重复蛋白质列在set1中。3.2. 人非同源蛋白质随着时间的推移，参与常见细胞系统的蛋白质在细菌和人类之间出现同源性[44，45]。因此，开发和施用以结合病原体的靶蛋白的治疗剂必须避免与宿主同源物的COS反应性。proteins. BLASTp在EnligHTN基因组浏览器92中进行3.5. 亚细胞定位定位是治疗靶标的最重要参数之一，因为许多蛋白质可以跨越多个定位[48]。通过PSORTb v3.0.2、CELLO v.2.5和nginx服务器筛选集合4-a中列出的蛋白质每种蛋白质的定位基于通过任何两个或所有三个服务器预测的相同位点来完成（补充表2）。在7个蛋白质中，只有4个被预测为内膜蛋白，而其余3个蛋白质的细胞质。尽管细胞质蛋白可能是推定的药物靶标，但在我们的研究中，仅将内膜蛋白（见表5）列为第5组以供进一步分析，因为膜蛋白占治疗靶标的60%以上[49]。考虑膜表2仅参与病原体特异性独特途径的蛋白质。SL.号KO分配蛋白质ID蛋白质名称途径1K14981WP_041848966.1DNA结合反应调节因子双组分对于每个set1蛋白质的病原体对智人参考蛋白质组。共有394种蛋白质显示出高于阈值的人类蛋白质的显著命中。考虑到与人类同源，排除了这394种蛋白质，其余603种非同源蛋白质列于第2组中。3.3. 必需蛋白质抗菌化合物大多被设计为对接和抑制必需的基因产物。因此，必需蛋白质被认为是最有前途的药物靶点[46]。共有114种蛋白质显示2 K14980 WP_041849190.1组氨酸激酶3 K13599 WP_041849407.1 sigma-54-依赖性Fis家族转录调节因子4 K01928 WP_041849726.1 UDP-N-乙酰胞壁酰-L-丙氨酰-D-谷氨酸-2二元系肽聚糖生物合成与DEG 15.2服务器中保存的细菌必需蛋白质数据集的显著匹配。作为B.杆状亚种ver097，这114个序列列在set3中。生物体特有的必需基因产物可用于5 K03587 WP_041849727.1连接酶青霉素结合蛋白2肽聚糖生物合成β-内酰胺抗性物种特异性治疗靶点[47]。6 K02400 WP_041849879.1鞭毛生物合成蛋白FlhA7 K02034 WP_052472869.1 ABC运输机通透酶鞭毛装配群体感应医学博士 Khan等人表3医学信息学解锁20（2020）1003853.6. 通过DrugBank数据库5使用KEGG Orthology（KO）分配但未使用任何途径分配的蛋白质。SL.号KO分配登录号蛋白质名称1K03296WP_041848830.1AcrB/AcrD/AcrF家族蛋白2K03466WP_041848841.1DNA移位酶FtsK3K03089WP_041848844.1RNA聚合酶σ因子RpoH4K19689WP_041848873.1氨肽酶5K02600WP_041848898.1转录终止/利用DrugBank数据库对膜蛋白进行识别，识别药物靶点的新颖性。两种蛋白质显示出高于阈值的显著相似性，药物条目保存在数据库中（见表6）。这些蛋白质被排除在进一步分析之外，因为我们的主要目的是鉴定与当前药物靶标不相似的蛋白质。因此，将与数据库中的当前药物靶标不相似的剩余两种蛋白质列为集合5。针对不同致病菌株的广谱疗法的使用6 K07391WP_041848977.1抗终止蛋白NusA ATP结合蛋白可能会导致突变和基因转移到其他致病7K03496 WP_041849016.1 ParA家族蛋白8K03497 WP_041849017.1染色体分配蛋白ParB9K03641 WP_041849127.1易位蛋白TolB10K03797 WP_041849219.1 S41家族肽酶11K03568 WP_041849289.1金属蛋白酶TldD12K02483 WP_041849309.1 DNA结合反应调节剂13K02198 WP_041849313.1半酶NrfEFG亚基NrfE14K04485 WP_041849362.1 DNA修复蛋白RadA15K07082 WP_041849372.1内溶转糖基酶MltG16K03499 WP_041849408.1 Trk系统钾转运蛋白TrkA17K 07018 WP_041849624.1 α/β水解酶18K 09014 WP_041849626.119K09456 WP_041849647.1酰基辅酶A脱氢酶20K03761 WP_041849702.1MFS转运体21K03086 WP_041849735.1 RNA聚合酶σ因子RpoD22K03498 WP_041849746.1金属ABC转运蛋白ATP酶菌株制药行业缺乏开发新疗法以及滥用抗生素是抗生素耐药性危机出现的原因[49，50]。因此，入围的新药物靶点可以通过开发新的抗B的治疗方法在缓解耐药危机方面发挥重要作用。杆状的。3.7. ‘Anti-targets许多候选药物由于显示出致癌作用而退出市场，这就是为什么交叉反应和致癌性检查对于开发有效的药物分子至关重要[53虽然该病原体的宿主非同源蛋白被去除，从非旁系同源序列中，进行该步骤以避免23K03924 WP_041849766.1 MoX R家族ATP酶由于给药的药物的不可逆结合而产生的X效应，24K 09015 WP_052472887.125K 03820 WP_080772740.1载脂蛋白N-酰基转移酶26K04744 WP_080772760.1 LPS组装蛋白LptD病原体对宿主的“抗靶标”。与“抗靶”蛋白不存在任何程度的相似性，因此所有set5 蛋白都列在set6 中27K 00528 WP_041849825.1 ferredoX考虑到宿主非“反目标”。表4没有KEGG同源性分配的蛋白质。SL.号登录号蛋白质名称1WP_041849180.1M23家族肽酶2WP_041849317.1感受器组氨酸激酶3WP_041849617.1核酸酶E/G4WP_041849690.1TerC家族蛋白5WP_041849779.1DegT/DnrJ/EryC 1/StrS氨基转移酶家族蛋白表5预测的膜蛋白列表。3.8. 抗原性预测（Set8）反向疫苗学方法已被证明是设计候选疫苗的强大而有效的方法[56，57]。基于少量抗原蛋白序列的安全重组疫苗的开发正在成为一种具有成本效益的解决方案，甚至是对抗感染性疾病的最有吸引力的方法[58，59]。新的药物靶点。 杆状亚种set7中的版本097被置于VaxiJenv2.0服务器上。 服务器预测的“ABC转运蛋白通透酶（WP_052472869.1）"可能是B. 杆状亚种版本097，结果见表7.检测这些膜蛋白中任何一种的高度免疫显性肽都可能有助于开发有效的亚单位SL.号登录号蛋白定位针对这种病原体的疫苗，从而控制人类的传染病[60]。1WP_041849190.1组氨酸激酶内膜2WP_041849727.1青霉素结合蛋白2内膜3.9. 预测序列与其他菌株3 WP_041849879.1鞭毛生物合成蛋白内蛋白质-蛋白质BLASTp揭示了4WP_052472869.1FlhA膜‘Flagellar biosynthesis protein FlhA (WP_041849879.1)ABC转运蛋白通透酶内膜作为治疗靶点的蛋白质有：1）机器学习方法和基于计算机的工具可以帮助确定它们的功能，而无需体外和体内实验室试验; 2）二级结构膜蛋白可以很容易地预测和产生，因为它们具有独特的结构，并显示出形成二级结构的倾向[50]。通过从头建模方法，如果无法获得任何关于高分辨率三维（3D）结构的实验验证信息，则基于结构的治疗学开发将在不久的将来成为可能[51][50，52]。转运蛋白通透酶(WP_052472869.1）“蛋白从B.杆状亚种Ver097与其它B.杆状的。ABC转运蛋白通透酶;杆状亚种Ver097与其他杆菌型巴尔通体菌株显示出最小的保护性，而“鞭毛生物合成 蛋白 FlhA B. 杆状亚种 Ver097显示与其它经典使用的杆状巴尔通体菌株的同源蛋白质具有99%以上的保守性（表8）。预测的蛋白质应该在广泛的细菌菌株中始终是保守的，以确保针对特定细菌的有效药物和疫苗靶标病原体[61]。在这里，来自不同地理位置的杆状内ella bacilliformis菌株。因此，鞭毛生物合成蛋白FlhA可能是一个有效的广谱药物靶标。医学博士 Khan等人医学信息学解锁20（2020）1003856表6作为药物靶点的蛋白质列表。ID表7蛋白2DB00671CefiX ime研究批准，研究确认11121/KW 20/Rd）流感嗜血杆菌（菌株ATCC 51907/DSM 11121/KW 20/Rd）可能的抗原蛋白作为候选疫苗。SL. 号登录号蛋白质名称VaxiJen评分1WP_041849879.1鞭毛生物合成蛋白FlhA0.60982WP_052472869.1ABC转运蛋白通透酶0.4516表8保守性分析鞭毛生物合成蛋白FlhA;（WP_041849897.1针对其他杆状巴尔通体菌株的BLASTp结果）。S.号序列ID生物体身份1WP_005767817.1杆状巴尔通体KC583百分之九十九2EKS43057.1杆状巴尔通体INS百分之九十九3EYS88603.1杆状巴尔通体San Pedro 600 -02百分之九十九4EYS 94419.1杆状巴尔通体秘鲁-18百分之九十九5KEG15906.1杆状巴尔通体百分之九十九6KEG19809.1杆状巴尔通体秘鲁38百分之九十九7AMG86163.1杆状巴尔通体百分之九十九8KZM37516.1杆状巴尔通体百分之九十九9KZN21555.1杆状巴尔通体百分之九十九10KEG22213.1杆状巴尔通体Ver075百分之九十九11KEG16163.1杆状巴尔通体Cond044百分之九十九12EYS 91027.1杆菌形巴尔通体海迪梅希亚百分之九十九13KEG18152.1杆状巴尔通体Hosp 800 -02百分之九十九14KEG21780.1杆状巴尔通体VAB 9028百分之九十九15KEG23155.1杆状巴尔通体CAR 600 -02百分之九十九4. 结论本研究利用消减基因组学方法，揭示了杆状巴尔通体亚种的一个蛋白质。Ver097作为新的药物靶点和疫苗候选物。抑制这种内膜蛋白（鞭毛生物合成蛋白FlhA）将有助于对抗由杆状巴尔通体病原体引起的感染性疾病，这 蛋白 是 参与 的 病原体特异代谢途径 此外，在细胞之间的交叉反应性的可能性药物和人类蛋白质已经减少，因为它们对人类蛋白质组和“反靶标”没有显示出相似性。因此，开发新的疫苗和新的药物或治疗化合物可能是根除杆状巴尔通体疾病进展的有希望的脚步。数据可用性不适用因资金来源该项目没有资金来源竞合利益作者声明，他们没有已知的可能影响本文所报告工作SL.号登录号蛋白质名称DrugBank药物名称类别微生物名称12WP_041849190.1WP_041849727.1组氨酸激酶青霉素结合DB02731DB00303乙汞硫水杨酸厄他EX实验核准，嗜热革蜱（菌株ATCC 43589/MSB 8/DSM 3109/JCM10099）流感嗜血杆菌（菌株ATCC 51907/DSM医学博士 Khan等人医学信息学解锁20（2020）1003857感谢MD。感谢Ismail Hosen（孟加拉国达卡1000达卡大学生物化学和分子生物学系）提出的亲切建议。附录A. 补充数据本 文 的 补 充 数 据 可 在 https ： //doi 网 站 上 找 到 。org/10.1016/j.imu.2020.100385。引用[1] 放大图片作者Silva-CasoWilmer，Pons MJ，Ruiz J，del Valle-Mendoza J. 秘鲁流行区杆状巴尔通体临床分离株的耐药性。JGlobAntimicrob Resist2015;3（3）：222-3。[2] Ihler Garret M. 杆状巴尔通体：危险的病原体从深层背景中慢慢浮现。 FEMSMicrobiol Lett 1996;144（1）：1-11.[3] 我是西罗戈图佐·爱德华多。巴尔通体病：新与旧。2000年《临床感染诊断》14（1）：1[4] 亚历山大·布鲁斯厄瓜多尔和哥伦比亚巴尔通体病的研究 美国热带医学卫生杂志1995;52（4）：354-9。[5] Henriquez-CamachoCesar，Ventosilla Palmira，Minnick Michael F，RuizJoaquim，CiroMagu in~a. 杆状巴尔通体的蛋白质：疫苗开发的候选者。IntJ Pept2015：2015.[6] 马圭和西罗，格拉·温贝托，文托西拉·帕尔米拉。巴尔通体病临床皮肤病学2009;27（3）：271[7] Henriquez Cesar，Hinojosa Juan Carlos，Ventosilla Palmira，InfanteBeronica，JennyMerello，Mallqui Vania，Verastegui Manuela，Maguina Ciro.次报告脾切除患者持续性菌血症的不寻常病例，由杆状巴尔通体引起。美国热带医学卫生杂志2004;71（1）：53-5。[8] HuarcayaErick，Maguin~aCiro，TorresRita，RupayJoan，Fuentes Luis.巴尔通氏病（Carrion病）在秘鲁儿科人群：概述和更新。 BrazJ Infect Dis 2004;8（5）：331-9.[9] GrayGregory C，Johnson Alberto Angulo，Thornton Scott A，AlexanderSmithWilliam，Knobloch Jürgen，Kelley Patrick W，Escudero LudovicoObstetra，放大图片作者：Stephen Wignall F. 秘鲁安第斯山脉的奥罗亚热流行。美国热带医学卫生杂志1990;42（3）：215-21。[10] Maguin~aVargasCiro，Ugarte-GilC�esar，Cha�vezPatriciaBren~a，EspinozaEloy奥达亚，文托西利亚·洛佩斯·帕尔米拉，瓦尔凯亚·卡斯蒂利亚·埃里克，卡马乔·塞萨尔·恩里克斯. 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