eggnog怎么注释哪个kegg属于哪个菌

Egnog是一个在线工具，可以用于注释基因功能和分类。它使用了多种数据库，包括KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）。在Eggnog中，您可以通过搜索KEGG数据库中的菌株名称或KEGG ID，来获得相应菌株的信息和分类。例如，如果您要查找Escherichia coli的KEGG ID，您可以在Eggnog中搜索“Escherichia coli KEGG ID”，然后从结果中获取相关信息。请注意，Eggnog并非KEGG数据库的官方网站，因此结果可能不完全准确或最新。

相关问题

emapper.annotations文件：这是主要的输出文件，包含注释信息和注释统计数据。每行代表一个输入基因或蛋白质，列包括输入序列的ID、功能注释、COG注释、KOG注释、NOG注释、EC号、KEGG注释、KEGG Pathway注释等。

是的，您说得对。emapper.annotations是eggnog-mapper的主要输出文件之一，包含了输入序列的各种注释信息和统计数据。具体来说，每行代表一个输入基因或蛋白质，列包括以下内容：

1. **query_name**：输入序列的ID。

2. **seed_eggNOG_ortholog**：输入序列的Seed Ortholog的EGGNOG Ortholog Group ID。

3. **seed_ortholog_evalue**：输入序列和Seed Ortholog的比对E-value。

4. **seed_ortholog_score**：输入序列和Seed Ortholog的比对Bit-Score。

5. **Predicted_gene_name**：预测的基因名称。

6. **GO_terms**：Gene Ontology (GO) ID和term。

7. **KO**：KEGG Orthology (KO) ID。

8. **KEGG_Pathway**：预测的KEGG Pathway ID和描述。

9. **KEGG_Module**：预测的KEGG Module ID和描述。

10. **KEGG_Reaction**：预测的KEGG Reaction ID和描述。

11. **KEGG_rclass**：预测的KEGG Reaction Class。

12. **BRITE_hierarchy**：预测的BRITE hierarchy。

13. **COG**：Clusters of Orthologous Groups (COG) ID和描述。

14. **eggNOG_ortholog_groups**：输入序列的所有EGGNOG Ortholog Group ID。

15. **best_eggNOG_ortholog_evalue**：输入序列和最佳EGGNOG Ortholog的比对E-value。

16. **best_eggNOG_ortholog_score**：输入序列和最佳EGGNOG Ortholog的比对Bit-Score。

17. **Predicted_taxonomic_group**：预测的序列所属的分类群。

18. **Predicted_protein_name**：预测的蛋白质名称。

19. **COG_cat**：COG分类。

这些注释信息和统计数据可以用于进一步的生物信息学分析和可视化。

linux下下载并安装细菌细菌eggnog数据库文件

您可以按照以下步骤在Linux上下载并安装细菌EggNOG数据库文件：

1. 首先，您需要在EggNOG网站上下载所需的数据库文件，即`eggnog4.proteins.all.bacteria.tsv.gz`和`eggnog4.funccats.txt.gz`。您可以使用以下命令在Linux上下载这些文件：

wget http://eggnogdb.embl.de/download/eggnog_4.5/data/bactNOG/eggnog4.proteins.all.bacteria.tsv.gz
wget http://eggnogdb.embl.de/download/eggnog_4.5/data/bactNOG/eggnog4.funccats.txt.gz

2. 解压缩下载的数据库文件。您可以使用以下命令在Linux上解压缩这些文件：

gunzip eggnog4.proteins.all.bacteria.tsv.gz
gunzip eggnog4.funccats.txt.gz

3. 安装SQLite3软件，SQLite3是一个轻量级的数据库管理系统，EggNOG数据库使用SQLite3存储数据。您可以使用以下命令在Linux上安装SQLite3：

sudo apt-get install sqlite3

4. 现在，您需要打开SQLite3并创建一个数据库。您可以使用以下命令在Linux上打开SQLite3：

sqlite3 eggnog.db

5. 在SQLite3中，您需要创建两个表来存储EggNOG数据库中的注释信息。您可以使用以下命令在SQLite3中创建一个名为`proteins`的表：

CREATE TABLE proteins (id VARCHAR(255), seed_id VARCHAR(255), sequence VARCHAR(8000), annotation VARCHAR(8000), other_annotations VARCHAR(8000));

6. 然后，您可以使用以下命令将`eggnog4.proteins.all.bacteria.tsv`文件中的注释信息导入到SQLite3的`proteins`表中：

sqlite3 eggnog.db ".separator '\t'\" \".import eggnog4.proteins.all.bacteria.tsv proteins\"

7. 接下来，您需要创建一个名为`funccats`的表来存储EggNOG数据库中的功能注释信息。您可以使用以下命令在SQLite3中创建`funccats`表：

CREATE TABLE funccats (category VARCHAR(255), function VARCHAR(8000), description VARCHAR(8000));

8. 然后，您可以使用以下命令将`eggnog4.funccats.txt`文件中的注释信息导入到SQLite3的`funccats`表中：

sqlite3 eggnog.db ".separator '\t'\" \".import eggnog4.funccats.txt funccats\"

9. 安装过程完成后，您可以通过以下命令测试您的细菌EggNOG数据库是否安装成功：

sqlite3 eggnog.db "SELECT * FROM proteins LIMIT 10;"

如果您成功运行该命令并获得了注释信息的前10行，则说明您已成功安装细菌EggNOG数据库。