eggnog怎么注释哪个kegg属于哪个菌
时间: 2024-03-30 21:37:13 浏览: 21
Egnog是一个在线工具,可以用于注释基因功能和分类。它使用了多种数据库,包括KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)。在Eggnog中,您可以通过搜索KEGG数据库中的菌株名称或KEGG ID,来获得相应菌株的信息和分类。例如,如果您要查找Escherichia coli的KEGG ID,您可以在Eggnog中搜索“Escherichia coli KEGG ID”,然后从结果中获取相关信息。请注意,Eggnog并非KEGG数据库的官方网站,因此结果可能不完全准确或最新。
相关问题
linux下下载并安装细菌细菌eggnog数据库文件
您可以按照以下步骤在Linux上下载并安装细菌EggNOG数据库文件:
1. 首先,您需要在EggNOG网站上下载所需的数据库文件,即`eggnog4.proteins.all.bacteria.tsv.gz`和`eggnog4.funccats.txt.gz`。您可以使用以下命令在Linux上下载这些文件:
```
wget http://eggnogdb.embl.de/download/eggnog_4.5/data/bactNOG/eggnog4.proteins.all.bacteria.tsv.gz
wget http://eggnogdb.embl.de/download/eggnog_4.5/data/bactNOG/eggnog4.funccats.txt.gz
```
2. 解压缩下载的数据库文件。您可以使用以下命令在Linux上解压缩这些文件:
```
gunzip eggnog4.proteins.all.bacteria.tsv.gz
gunzip eggnog4.funccats.txt.gz
```
3. 安装SQLite3软件,SQLite3是一个轻量级的数据库管理系统,EggNOG数据库使用SQLite3存储数据。您可以使用以下命令在Linux上安装SQLite3:
```
sudo apt-get install sqlite3
```
4. 现在,您需要打开SQLite3并创建一个数据库。您可以使用以下命令在Linux上打开SQLite3:
```
sqlite3 eggnog.db
```
5. 在SQLite3中,您需要创建两个表来存储EggNOG数据库中的注释信息。您可以使用以下命令在SQLite3中创建一个名为`proteins`的表:
```
CREATE TABLE proteins (id VARCHAR(255), seed_id VARCHAR(255), sequence VARCHAR(8000), annotation VARCHAR(8000), other_annotations VARCHAR(8000));
```
6. 然后,您可以使用以下命令将`eggnog4.proteins.all.bacteria.tsv`文件中的注释信息导入到SQLite3的`proteins`表中:
```
sqlite3 eggnog.db ".separator '\t'\" \".import eggnog4.proteins.all.bacteria.tsv proteins\"
```
7. 接下来,您需要创建一个名为`funccats`的表来存储EggNOG数据库中的功能注释信息。您可以使用以下命令在SQLite3中创建`funccats`表:
```
CREATE TABLE funccats (category VARCHAR(255), function VARCHAR(8000), description VARCHAR(8000));
```
8. 然后,您可以使用以下命令将`eggnog4.funccats.txt`文件中的注释信息导入到SQLite3的`funccats`表中:
```
sqlite3 eggnog.db ".separator '\t'\" \".import eggnog4.funccats.txt funccats\"
```
9. 安装过程完成后,您可以通过以下命令测试您的细菌EggNOG数据库是否安装成功:
```
sqlite3 eggnog.db "SELECT * FROM proteins LIMIT 10;"
```
如果您成功运行该命令并获得了注释信息的前10行,则说明您已成功安装细菌EggNOG数据库。
linux下下载关于细菌的eggnog数据库文件
你可以在EGGNOG官方网站的下载页面中找到关于细菌的EGGNOG数据库文件。具体步骤如下:
1. 打开EGGNOG官方网站(http://eggnogdb.embl.de/)。
2. 点击页面上方的“Downloads”选项卡。
3. 在下载页面中,找到“EGGNOG 5.0 bacterial”部分。
4. 根据你的需要选择下载文件的格式,例如“FASTA”、“HMM”、“SQL”等。
5. 点击所选格式后面的“Download”按钮,即可开始下载文件。
请注意,下载文件的速度取决于你的网络环境和所选格式的文件大小。同时,如果你需要使用EGGNOG数据库进行科研或商业用途,请务必遵守EGGNOG官方网站上的使用条款。
相关推荐
![zip](https://img-home.csdnimg.cn/images/20210720083736.png)
![zip](https://img-home.csdnimg.cn/images/20210720083736.png)
![](https://csdnimg.cn/download_wenku/file_type_ask_c1.png)
![](https://csdnimg.cn/download_wenku/file_type_ask_c1.png)
![](https://csdnimg.cn/download_wenku/file_type_ask_c1.png)
![](https://csdnimg.cn/download_wenku/file_type_ask_c1.png)
![](https://csdnimg.cn/download_wenku/file_type_ask_c1.png)
![](https://csdnimg.cn/download_wenku/file_type_ask_c1.png)
![](https://csdnimg.cn/download_wenku/file_type_ask_c1.png)
![](https://csdnimg.cn/download_wenku/file_type_ask_c1.png)
![](https://csdnimg.cn/download_wenku/file_type_ask_c1.png)
![](https://csdnimg.cn/download_wenku/file_type_ask_c1.png)
![](https://csdnimg.cn/download_wenku/file_type_ask_c1.png)
![](https://csdnimg.cn/download_wenku/file_type_ask_c1.png)
![](https://csdnimg.cn/download_wenku/file_type_ask_c1.png)