eggnog-mapper的功能
时间: 2024-03-04 10:52:27 浏览: 178
eggnog-mapper:通过正交分配快速进行全基因组功能注释
EGGNOG-Mapper的主要功能是对新的基因组序列进行功能注释。具体来说,它的功能包括以下几个方面:
1. 基因预测:EGGNOG-Mapper可以预测新的氨基酸序列中的基因并将其转化为FASTA格式。
2. 序列比对:EGGNOG-Mapper使用HMMER和DIAMOND两种序列比对工具对新的氨基酸序列进行比对,以将这些序列映射到已知的基因家族和功能注释信息。
3. 功能注释:EGGNOG-Mapper将新的氨基酸序列映射到已知的功能注释信息,包括基因家族、基因本体学(Gene Ontology,GO)分类、KEGG通路分析等。
4. 注释结果可视化:EGGNOG-Mapper提供了一个交互式Web界面,用户可以通过该界面对注释结果进行可视化和进一步分析。
EGGNOG-Mapper是一个非常有用的生物信息学工具,可以帮助用户快速准确地为新的基因组序列分配功能注释,从而加速基因功能研究和生物学研究的进展。
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