linux下eggnog-mapper的功能与使用具体步骤

EGGNOG-Mapper在Linux系统下的使用步骤如下：

1. 下载和安装EGGNOG-Mapper

可以使用以下命令下载和安装EGGNOG-Mapper：

wget http://eggnogdb.embl.de/download/eggnog-mapper/eggnog-mapper-2.0.1.tar.gz
tar -xvzf eggnog-mapper-2.0.1.tar.gz
cd eggnog-mapper-2.0.1

2. 准备输入文件

准备一个FASTA格式的输入文件，该文件应包含你要注释的序列。

3. 运行EGGNOG-Mapper

输入以下命令运行EGGNOG-Mapper：

./emapper.py -i input.fasta -o output.txt

其中`input.fasta`是你要注释的FASTA文件的路径和文件名，`output.txt`是注释结果输出文件的路径和文件名。你可以根据需要修改这些参数。

4. 解析注释结果

EGGNOG-Mapper的输出文件是一个tab分隔的文本文件，其中包含每个查询序列的注释结果，包括序列ID、基因家族、描述信息、KEGG通路、GO分类等。你可以使用文本编辑器或其他工具打开该文件并查看注释结果。

以上就是在Linux系统下使用EGGNOG-Mapper的基本步骤。需要注意的是，你需要下载和安装EGGNOG数据库才能使用EGGNOG-Mapper进行注释。具体的下载和安装方法可以参考EGGNOG-Mapper的官方文档。