eggnog-mapper

EGGNOG-Mapper是一种用于对新的基因组序列进行功能注释的工具。它使用预测的基因序列进行比对，将这些序列映射到已知的基因家族和功能注释信息的数据库中，从而为这些序列分配功能注释。

EGGNOG-Mapper是基于HMMER和DIAMOND两种序列比对工具开发的。它使用HMMER对新的氨基酸序列进行比对，以确定这些序列是否属于已知的基因家族。如果新的序列无法匹配到任何已知的基因家族，EGGNOG-Mapper将使用DIAMOND进行比对，以将这些序列映射到已知的功能注释信息。

EGGNOG-Mapper的输出包括每个查询序列的功能注释信息、匹配到的基因家族和注释的信度得分。此外，它还提供了一个交互式Web界面，用户可以通过该界面对注释结果进行可视化和进一步分析。

EGGNOG-Mapper是一个常用的生物信息学工具，特别是在对新的基因组序列进行功能注释时。它可以帮助用户快速准确地为新的基因序列分配功能注释，从而加速基因功能研究和生物学研究的进展。