对eggnog-mapper 输出的文件之预测代谢途径的详细步骤示例

以下是一个对eggnog-mapper输出的文件预测代谢途径的示例，以大肠杆菌为例：

1. 提取KO号

假设eggnog-mapper的输出文件名为“eggnog_output.txt”，其中一列为“KO号”，我们可以使用Excel等工具，将“KO号”列提取出来，保存为一个单独的文件“KOs.txt”。

2. 比对KO号

我们使用KEGG Automatic Annotation Server (KAAS)对“KOs.txt”中的KO号进行比对，找出匹配的KO号和对应的KEGG代谢途径。KAAS的网址为：https://www.genome.jp/tools/kaas/

在KAAS的网页中，选择“Single-directional best hit”作为比对模式，选择物种为“Escherichia coli K-12 substr. MG1655 (NC_000913)”（大肠杆菌），上传“KOs.txt”文件，点击“Submit”进行比对。KAAS会根据KO号的相似性，将每个基因归属于不同的KEGG代谢途径中。比对结果可以下载为一个文本文件，例如“kaas_output.txt”。

3. 整合代谢途径信息

我们可以使用KegGraph等工具，将“kaas_output.txt”中匹配到的KEGG代谢途径可视化，帮助我们更加清晰地了解基因的代谢途径。KegGraph的网址为：https://www.genome.jp/kegg/tool/map_pathway2.html

在KegGraph的网页中，选择物种为“Escherichia coli K-12 substr. MG1655 (NC_000913)”（大肠杆菌），上传“kaas_output.txt”文件，选择“Map”作为显示模式，点击“Submit”进行整合。KegGraph会根据代谢途径的层次结构，将匹配到的代谢途径整合成一张代谢途径图。我们可以通过这张图，了解基因在代谢途径中的位置，以及基因的功能和作用。

需要注意的是，这只是一个简单的示例，实际的操作可能会更加复杂和繁琐。此外，不同的比对工具和可视化工具可能会有差异，需要根据具体情况选择合适的工具和方法。