写一个python脚本,不依赖模块提取cds文件中最长转录本
时间: 2024-05-15 14:17:28 浏览: 125
快速创建大文件python脚本
可以使用Python内置的文件读写函数和字符串操作函数来实现。
以下是示例代码:
```python
# 打开cds文件
with open("cds_file.cds", "r") as f:
seq = f.read()
# 去除文件中的空格和换行符
seq = seq.replace(" ", "").replace("\n", "")
# 分割序列,以起始和终止密码子 "ATG" 和 "TGA" 为分界点
starts = [i for i in range(len(seq)) if seq.startswith("ATG", i)]
ends = [i+2 for i in range(len(seq)) if seq.startswith("TGA", i)]
# 初始化最长转录本长度变量和序列变量
max_len = 0
longest_seq = ""
# 遍历所有可能的起始密码子和终止密码子,找到最长转录本
for start in starts:
for end in ends:
if end > start and (end-start) % 3 == 0:
trans_seq = seq[start:end+1]
if len(trans_seq) > max_len:
max_len = len(trans_seq)
longest_seq = trans_seq
# 打印最长转录本
print(longest_seq)
```
该脚本的思路是先将cds文件中的序列读入,然后去除其中的空格和换行符,接着按照起始和终止密码子 "ATG" 和 "TGA" 将序列分割成可能的转录本,并遍历每个转录本找到最长的那个。最终输出最长转录本的序列。注意代码中最长转录本长度变量和序列变量的初始化和更新,以及在求取转录本长度时判断是否能被3整除的条件。
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