写一个严谨的python脚本，不依赖模块提取cds.fa文件中最长转录本输出

请问你需要的是对于一段给定的cds.fa文件，找出其中包含的最长的转录本吗？

如果是的话，可以使用以下的Python脚本来完成这个任务：

# 利用python自带的sys和os模块来读取和处理文件
import sys
import os

# 通过sys.argv获取命令行中传递的参数
filename = sys.argv[1]

# 读取cds.fa文件中的所有内容
with open(filename, 'r') as file:
    raw_data = file.read()

# 将文件分割成一行一行的
lines = raw_data.split('\n')

# 获取所有序列的名称和对应的序列内容
seqs = {}
name = ''
for line in lines:
    if line.startswith('>'):
        name = line[1:]
        seqs[name] = ''
    else:
        seqs[name] += line

# 对于每一条序列，计算出其中最长的转录本长度
longest_transcript_length = 0
longest_transcript_name = ''
for name, seq in seqs.items():
    transcript_lengths = []
    start_codon_index = seq.find('ATG')
    while start_codon_index != -1:
        transcript_end_index = seq.find('TAG', start_codon_index)  # 寻找一个TAG为止
        if transcript_end_index == -1:  # 没有找到TAG符号，跳出循环
            break
        transcript_lengths.append(transcript_end_index - start_codon_index + 3)  # 计算转录本长度
        start_codon_index = seq.find('ATG', start_codon_index + 1)  # 找到下一个ATG开始查找下一个转录本

    # 获取最长的转录本
    if transcript_lengths:
        longest_transcript_length_for_this_seq = max(transcript_lengths)
        if longest_transcript_length_for_this_seq > longest_transcript_length:
            longest_transcript_length = longest_transcript_length_for_this_seq
            longest_transcript_name = name

# 输出最长转录本的名称和长度
print(f"The longest transcript in {filename} is {longest_transcript_name} with length {longest_transcript_length}")

将以上代码保存为`find_longest_transcript.py`，然后在命令行中执行以下命令：

python find_longest_transcript.py cds.fa

其中，`cds.fa`是你需要处理的文件名。这个脚本会输出格式为`The longest transcript in {filename} is {sequence_name} with length {length}` 的字符串，其中`{filename}`是输入文件名，`{sequence_name}`是最长转录本的名称，`{length}`是转录本的长度。

该脚本会从给定的cds.fa文件中读取所有序列的名称和对应的序列内容，并且对于每一条序列，它会计算出其中最长的转录本的长度和名称，然后输出最长转录本的名称和长度。它并不依赖于任何模块，因此可以在几乎所有Python环境中运行。