def create_dataset(X, y, seq_len=7): features = [] targets = [] for i in range(0, len(X) - seq_len, 1): data = X.iloc[i:i+seq_len] # 序列数据 label = y.iloc[i+seq_len] # 标签数据 # 保存到features和labels features.append(data) targets.append(label) # 返回 return np.array(features), np.array(targets)

时间: 2024-04-19 07:24:44 浏览: 98
这是一个用于创建数据集的函数。函数的输入是X(特征数据)和y(目标数据),以及一个可选的参数seq_len(序列长度,默认为7)。函数的目标是将数据集划分为一组特征和对应的标签。 在函数内部,首先定义了两个空列表features和targets,用于保存特征和标签数据。 然后,通过一个for循环遍历数据集,从索引0开始,每次移动1个步长,直到len(X) - seq_len的位置。在每次迭代中,根据序列长度seq_len,从特征数据X中获取一段连续的子序列data,从目标数据y中获取对应的标签值label。 接下来,将每个子序列data添加到features列表中,将对应的标签值label添加到targets列表中。 最后,将features和targets转换为NumPy数组,并作为函数的输出返回。 这个函数的作用是将时间序列数据转换为可用于训练模型的特征和标签组合。通常用于构建适用于序列模型(如循环神经网络)的输入数据。
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def create_batch_dataset(X, y, train=True, buffer_size=1000, batch_size=5):什么意思

这是一个函数,用于创建批次数据集,输入为特征数据 X 和目标数据 y。train 参数用于指示数据集是否用于训练,buffer_size 参数用于指定缓冲区大小,batch_size 参数用于指定批次大小。函数的作用是将数据集分成多个批次,每个批次的样本数量为 batch_size,以及在训练时打乱数据顺序以增加模型的泛化能力。函数返回一个数据集对象,该对象可用于训练或测试模型。

train_dataset, seq_len, n_features = create_dataset(train_data) val_dataset, _, _ = create_dataset(val_data)

这段代码中,`create_dataset(train_data)`函数返回了三个值,分别为`train_dataset`、`seq_len`和`n_features`。同样,`create_dataset(val_data)`函数也返回了三个值,但在这里我们只需要前两个值,因此使用`_`来占位,表示我们不需要这个值。 具体来说,这段代码的作用如下: 1. 调用`create_dataset(train_data)`函数,将`train_data`作为参数传入,得到三个返回值,分别为`train_dataset`、`seq_len`和`n_features`。 2. 将`train_dataset`赋值给变量`train_dataset`,`seq_len`赋值给变量`seq_len`,`n_features`赋值给变量`n_features`。 3. 调用`create_dataset(val_data)`函数,将`val_data`作为参数传入,得到三个返回值,分别为`val_dataset`、`_`和`_`。 4. 将`val_dataset`赋值给变量`val_dataset`。 总的来说,这段代码的目的是将训练集和验证集都转换为可以用于训练模型的数据集,其中`create_dataset()`函数的具体实现需要根据具体的场景来确定。同时,`seq_len`和`n_features`也是在数据集转换过程中确定的,分别表示序列的长度和每个时间步的特征数,可以用于定义模型的输入形状。
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帮我为下面的代码加上注释:class SimpleDeepForest: def __init__(self, n_layers): self.n_layers = n_layers self.forest_layers = [] def fit(self, X, y): X_train = X for _ in range(self.n_layers): clf = RandomForestClassifier() clf.fit(X_train, y) self.forest_layers.append(clf) X_train = np.concatenate((X_train, clf.predict_proba(X_train)), axis=1) return self def predict(self, X): X_test = X for i in range(self.n_layers): X_test = np.concatenate((X_test, self.forest_layers[i].predict_proba(X_test)), axis=1) return self.forest_layers[-1].predict(X_test[:, :-2]) # 1. 提取序列特征(如:GC-content、序列长度等) def extract_features(fasta_file): features = [] for record in SeqIO.parse(fasta_file, "fasta"): seq = record.seq gc_content = (seq.count("G") + seq.count("C")) / len(seq) seq_len = len(seq) features.append([gc_content, seq_len]) return np.array(features) # 2. 读取相互作用数据并创建数据集 def create_dataset(rna_features, protein_features, label_file): labels = pd.read_csv(label_file, index_col=0) X = [] y = [] for i in range(labels.shape[0]): for j in range(labels.shape[1]): X.append(np.concatenate([rna_features[i], protein_features[j]])) y.append(labels.iloc[i, j]) return np.array(X), np.array(y) # 3. 调用SimpleDeepForest分类器 def optimize_deepforest(X, y): X_train, X_test, y_train, y_test = train_test_split(X, y, test_size=0.2) model = SimpleDeepForest(n_layers=3) model.fit(X_train, y_train) y_pred = model.predict(X_test) print(classification_report(y_test, y_pred)) # 4. 主函数 def main(): rna_fasta = "RNA.fasta" protein_fasta = "pro.fasta" label_file = "label.csv" rna_features = extract_features(rna_fasta) protein_features = extract_features(protein_fasta) X, y = create_dataset(rna_features, protein_features, label_file) optimize_deepforest(X, y) if __name__ == "__main__": main()

import numpy import numpy as np import matplotlib.pyplot as plt import math import torch from torch import nn from torch.utils.data import DataLoader, Dataset import os os.environ['KMP_DUPLICATE_LIB_OK']='True' dataset = [] for data in np.arange(0, 3, .01): data = math.sin(data * math.pi) dataset.append(data) dataset = np.array(dataset) dataset = dataset.astype('float32') max_value = np.max(dataset) min_value = np.min(dataset) scalar = max_value - min_value print(scalar) dataset = list(map(lambda x: x / scalar, dataset)) def create_dataset(dataset, look_back=3): dataX, dataY = [], [] for i in range(len(dataset) - look_back): a = dataset[i:(i + look_back)] dataX.append(a) dataY.append(dataset[i + look_back]) return np.array(dataX), np.array(dataY) data_X, data_Y = create_dataset(dataset) train_X, train_Y = data_X[:int(0.8 * len(data_X))], data_Y[:int(0.8 * len(data_Y))] test_X, test_Y = data_Y[int(0.8 * len(data_X)):], data_Y[int(0.8 * len(data_Y)):] train_X = train_X.reshape(-1, 1, 3).astype('float32') train_Y = train_Y.reshape(-1, 1, 3).astype('float32') test_X = test_X.reshape(-1, 1, 3).astype('float32') train_X = torch.from_numpy(train_X) train_Y = torch.from_numpy(train_Y) test_X = torch.from_numpy(test_X) class RNN(nn.Module): def __init__(self, input_size, hidden_size, output_size=1, num_layer=2): super(RNN, self).__init__() self.input_size = input_size self.hidden_size = hidden_size self.output_size = output_size self.num_layer = num_layer self.rnn = nn.RNN(input_size, hidden_size, batch_first=True) self.linear = nn.Linear(hidden_size, output_size) def forward(self, x): out, h = self.rnn(x) out = self.linear(out[0]) return out net = RNN(3, 20) criterion = nn.MSELoss(reduction='mean') optimizer = torch.optim.Adam(net.parameters(), lr=1e-2) train_loss = [] test_loss = [] for e in range(1000): pred = net(train_X) loss = criterion(pred, train_Y) optimizer.zero_grad() # 反向传播 loss.backward() optimizer.step() if (e + 1) % 100 == 0: print('Epoch:{},loss:{:.10f}'.format(e + 1, loss.data.item())) train_loss.append(loss.item()) plt.plot(train_loss, label='train_loss') plt.legend() plt.show()请适当修改代码,并写出预测值和真实值的代码

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