no_molecule_cell_r(j)=int(no_molecule_each_cell*t_ini/t_ini)

这段代码将 `no_molecule_each_cell` 乘以 `t_ini`，然后将结果除以 `t_ini` 并取整，并将其存储在 `no_molecule_cell_r` 数组的第 `j` 个元素中。这将把一个名为 `no_molecule_each_cell` 的变量的值分配给每个纵向（y）细胞，该变量可能代表该细胞中的分子数或其他相关属性。但是，具体使用方法取决于代码的上下文和目的。

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subroutine initial_particle implicit double precision (a-h,o-z) include 'variables.f90' ! ---------------------------------------------- dimension no_molecule_cell_r(noy_cell) ! ---------------------------------------------- T_O=t_down_wall+rate_pres**2*(y_length)**4/12.0/16.0/v_kpa_ini/viscosity do j=1,noy_cell cotent_macro_p_cell_f(1,j)=rate_pres*(y_length*yc(j)-yc(j)**2)/2.0/viscosity+u_down_wall+yc(j)/y_length*(u_up_wall-u_down_wall) cotent_macro_p_cell_f(2,j)=0.0 cotent_macro_p_cell_f(3,j)=0.0 cotent_macro_t_cell_f(j)=t_ini enddo

这段代码是Fortran语言的一个子程序，它的功能是初始化粒子的位置、速度和温度等宏观量，以及计算每个细胞内的粒子数和宏观量。具体来说，它会计算初始温度T_O，并根据初始温度和压力计算每个细胞内的初始粒子数和宏观量。然后，它会在每个细胞内随机生成一定数量的粒子，并给这些粒子随机分配速度和位置。最后，它会调用其他子程序计算每个细胞内的粒子数和宏观量。

AttributeError: 'builtins.Molecule' object has no attribute 'adjust_connectivity'

非常抱歉，我之前的回答还是有误。在 SPDKIT 中，Molecule 对象没有 `adjust_connectivity` 方法。正确的方式是通过 `fix_bonds` 方法来调整分子之间的连接方式。这里是修改后的代码：

import spdkit
from spdkit import *

# 读取分子文件
m1 = Molecule.from_file("POSCAR1")
m2 = Molecule.from_file("POSCAR2")

# 重新确定原子之间的连接方式
m1.rebond()
m2.rebond()

# 检查分子之间的差异性
dis = m1.disparity_between(m2)
if dis:
    # 如果分子之间存在差异性，则修正分子的连接方式
    m1.fix_bonds(m2.get_bonds())

# 计算 RMSD 值
rmsd = m1.resemble_rigidly(m2)
print(rmsd)

在这个修改后的代码中，我们使用 `fix_bonds` 方法来修正分子的连接方式。如果两个分子之间存在差异性，则将第一个分子的连接方式更新为第二个分子的连接方式。然后再计算 RMSD 值。