解释这行代码:atom_idx_1 = molecule.GetSubstructMatch(Chem.MolFromSmarts(f'[C]~*{r}'))
时间: 2024-05-21 08:13:09 浏览: 145
这行代码是根据化学结构中的SMARTS模式匹配来获取分子中与特定基团相连的原子的下标。其中,f'[C]~*{r}'表示SMARTS模式,[C]表示相邻的原子是碳,~*表示与碳原子相连的任何原子,{r}表示r变量的值,即前面定义的分子基团。Chem.MolFromSmarts()函数将SMARTS字符串转换成分子对象,molecule.GetSubstructMatch()函数返回与SMARTS匹配的分子的下标。
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解释一下这个代码num_epochs = 500 batch_size = 2048 num_samples = x_train_tensor.size(0) num_batches = num_samples // batch_size for epoch in range(num_epochs): for i in range(num_batches): start_idx = i * batch_size end_idx = (i + 1) * batch_size inputs = x_train_tensor[start_idx:end_idx] labels = y_train_tensor[start_idx:end_idx] optimizer.zero_grad() outputs = model(inputs) loss = criterion(outputs.squeeze(), labels) loss.backward() optimizer.step()
这段代码是一个训练模型的循环。它使用了一个外部的训练循环来迭代指定次数的epoch(训练轮数)。
首先,代码定义了一些训练相关的参数,包括num_epochs(训练轮数)、batch_size(批处理大小)、num_samples(训练样本数量)和num_batches(每个epoch中的批次数量)。
接下来,通过两个嵌套的循环进行训练。外层循环迭代num_epochs次,内层循环迭代num_batches次。每次内层循环都会处理一个batch_size大小的训练样本。
在内层循环中,根据当前的i来确定当前批次的起始索引start_idx和结束索引end_idx。然后,从训练数据中提取出对应的输入inputs和标签labels。
接下来,通过调用optimizer.zero_grad()来清除之前计算的梯度信息。然后,将inputs传递给模型model进行前向传播,得到输出outputs。
计算模型输出与标签之间的损失loss,使用指定的损失函数criterion,并通过调用loss.backward()来计算梯度。最后,调用optimizer.step()来更新模型的参数,以最小化损失。
通过这个循环,模型将在给定的训练数据上进行多次迭代的优化,以逐渐提高模型的性能。
详细解释一下这段代码,每一句都要进行注解:for _, (tr_idx, te_idx) in enumerate(tqdm(groups, total=5, desc="Folds")): tr_idx = pd.Series(tr_idx).sample(n=2000000,random_state=42).values multioutput_regressor = LGBMMultiOutputRegressor(lgb.LGBMRegressor(**best_params_)) x_train = train.loc[tr_idx, cols].to_numpy() y_train = train.loc[tr_idx, pcols].to_numpy() x_test = train.loc[te_idx, cols].to_numpy() y_test = train.loc[te_idx, pcols].to_numpy() multioutput_regressor.fit( x_train, y_train, eval_set=(x_test, y_test), eval_metric=custom_average_precision, early_stopping_rounds=15, verbose = 0, ) regs.append(multioutput_regressor) cv = metrics.average_precision_score(y_test, multioutput_regressor.predict(x_test).clip(0.0,1.0)) cvs.append(cv) print(cvs) print(np.mean(cvs))
好的,下面是代码的详细解释和注释:
```python
for _, (tr_idx, te_idx) in enumerate(tqdm(groups, total=5, desc="Folds")):
```
这里使用enumerate()从groups中获取组的索引和数据。tqdm用于可视化进度条,total=5表示总共有5个组。
```python
tr_idx = pd.Series(tr_idx).sample(n=2000000,random_state=42).values
```
从当前组的训练数据中随机抽样2000000个样本,防止数据过多导致内存溢出。random_state=42表示设置随机种子,确保每次随机抽样的结果一致。
```python
multioutput_regressor = LGBMMultiOutputRegressor(lgb.LGBMRegressor(**best_params_))
```
创建一个多目标LGBMRegressor对象multioutput_regressor,使用best_params_作为参数。
```python
x_train = train.loc[tr_idx, cols].to_numpy()
y_train = train.loc[tr_idx, pcols].to_numpy()
x_test = train.loc[te_idx, cols].to_numpy()
y_test = train.loc[te_idx, pcols].to_numpy()
```
从训练集中取出当前组的训练数据和测试数据,x_train和y_train表示训练数据的特征和标签,x_test和y_test表示测试数据的特征和标签。cols和pcols表示要使用的特征和标签的列名。
```python
multioutput_regressor.fit(
x_train, y_train,
eval_set=(x_test, y_test),
eval_metric=custom_average_precision,
early_stopping_rounds=15,
verbose = 0,
)
```
使用当前组的训练数据来训练multioutput_regressor模型,使用测试数据进行验证。eval_metric指定了评估指标为自定义的平均精度(custom_average_precision),early_stopping_rounds表示在15轮内没有提升则停止训练,verbose=0表示不输出训练过程中的日志信息。
```python
regs.append(multioutput_regressor)
```
将训练好的multioutput_regressor模型加入regs列表中,以便后续进行预测和评估。
```python
cv = metrics.average_precision_score(y_test, multioutput_regressor.predict(x_test).clip(0.0,1.0))
cvs.append(cv)
```
使用average_precision_score()函数计算当前模型在测试数据上的平均精度得分,将得分加入cvs列表中。
```python
print(cvs)
print(np.mean(cvs))
```
输出当前模型在所有测试数据上的平均精度得分和平均得分。
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