pythondf2新增一列“gene”其值为“Gene Symbol”列的第一个基因名,df1的“ID_REF”列重命名为“ID”列,df2保留“ID”和“gene”列然后与df1合并为df,df中gene名相同的记录表达量取平均值,打印df
时间: 2023-10-02 19:06:08 浏览: 92
详解Python中的变量及其命名和打印
好的,我来给出对应的代码实现。
```python
import pandas as pd
# 读取 df1 和 df2
df1 = pd.read_csv("df1.csv")
df2 = pd.read_csv("df2.csv")
# 新增 gene 列
df2["gene"] = df2["Gene Symbol"].str.split(",").str[0]
# 重命名列名
df1 = df1.rename(columns={"ID_REF": "ID"})
# 合并 df1 和 df2
df = pd.merge(df1[["ID", "VALUE"]], df2[["ID", "gene"]], on="ID")
# 计算表达量平均值
df = df.groupby("gene").mean().reset_index()
# 打印结果
print(df)
```
需要注意的是,这里涉及到了一些 pandas 的基本操作。其中,新增 gene 列可以使用 str.split() 方法拆分 Gene Symbol 字符串,并取第一个基因名作为 gene 列的值;重命名列名可以使用 rename() 方法,指定 columns 参数来实现;合并两个 DataFrame 可以使用 merge() 方法,指定 on 参数为 ID 列来实现;计算表达量平均值可以使用 groupby() 方法和 mean() 方法,指定按照 gene 列分组,并计算 VALUE 列的平均值。
阅读全文