class Mushybox(Atoms): def __init__(self, atomsx, express=np.zeros((3, 3)), fixstrain=np.ones((3, 3))): """box relaxation atomsx: an Atoms object express: external pressure, a 3*3 lower triangular matrix in the unit of GPa; define positive values as compression fixstrain: 3*3 matrix as express. 0 fixes strain at the corresponding direction """
时间: 2024-02-14 15:32:20 浏览: 181
lammps_init.rar_PE chain_data_handwgw_lammps_tongueu3i
这是一个自定义的`Mushybox`类,继承于ASE中的`Atoms`类,并添加了一些自定义的功能。具体来说,这个类实现了一个晶胞弛豫的功能,可以通过给定一个外部压力和一个固定应变的矩阵,来对晶格常数进行优化。
在这个类的构造函数`__init__`中,有三个参数:
- `atomsx`:一个`Atoms`对象,表示需要进行晶胞优化的初始结构;
- `express`:一个3x3的下三角矩阵,表示外部施加的压力,以GPa为单位。这里定义正值表示压缩,负值表示拉伸;
- `fixstrain`:一个3x3的矩阵,表示固定应变的矩阵。矩阵中的元素为0表示该方向上的应变被固定,为1表示该方向上的应变可以自由变化。
根据这三个参数,`Mushybox`类可以实现晶胞弛豫的功能,并返回优化后的结构。
需要注意的是,这个类仅为示例代码,实际使用时应根据具体问题进行算法和参数的选择,并根据需要进行自定义设置,以获得最佳的优化效果和计算效率。
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