利用linux进行本地blast建库

在Linux环境下利用BLAST建立数据库，通常是指使用NCBI提供的BLAST+工具包进行蛋白质或核酸序列的数据库构建。以下是基本步骤：

1. **下载和安装**:
首先，你需要从NCBI官网下载blast+软件，一般建议选择适合你的Linux发行版的二进制包，如`ncbi-blast-xx.x.x+-xxx.tar.gz`。

2. **解压和配置环境变量**:
解压缩软件包并将其添加到系统的PATH路径中。例如，如果解压到了`~/bin`目录下，可以编辑`~/.bashrc`或`~/.bash_profile`文件，加入`export PATH=$PATH:$HOME/bin`。

3. **获取序列数据**:
你需要一些已知序列的数据文件（FASTA格式），这些将用于创建数据库。比如，如果你有基因组序列，那么就需要对应的编码区FASTA文件。

4. **创建数据库**:
使用`makeblastdb`命令来创建数据库。命令格式如下：

   makeblastdb -in [your_sequence_file.fasta] -dbtype [protein/nucleotide] -out [output_database_name]

其中`[your_sequence_file.fasta]`替换为你的输入序列文件，`dbtype`根据你的数据类型选择（`protein`或`nucleotide`），`[output_database_name]`是你想要的数据库名称。

5. **验证数据库**:
创建完成后，你可以使用`blastn`, `blastp`等BLAST工具检验数据库是否正常，看看能否找到匹配的查询结果。