读取“GSE83148_series_matrix.txt”基因芯片文件和平台“GPL570-55999.txt”(跳过注释行),分别命名为df1和df2
时间: 2024-02-21 09:58:35 浏览: 24
可以使用 pandas 库中的 read_csv 函数来读取文本文件。对于“GSE83148_series_matrix.txt”基因芯片文件,可以使用以下代码:
```python
import pandas as pd
df1 = pd.read_csv("GSE83148_series_matrix.txt", sep="\t", skiprows=70, index_col=0)
```
这里使用了 pandas 中的 read_csv 函数,指定了文件名为“GSE83148_series_matrix.txt”,分隔符为制表符(`\t`),跳过了前 70 行(注释行),并将第一列作为索引列。
对于平台文件“GPL570-55999.txt”,可以使用以下代码:
```python
import pandas as pd
df2 = pd.read_csv("GPL570-55999.txt", sep="\t", comment="#", header=None, index_col=0)
```
这里同样使用了 pandas 中的 read_csv 函数,指定了文件名为“GPL570-55999.txt”,分隔符为制表符(`\t`),并跳过了以“#”开头的注释行。此外,由于平台文件没有标题行,因此需要将 header 参数设置为 None,同时将第一列作为索引列。
相关问题
python读取“GSE83148_series_matrix.txt”基因芯片文件和平台“GPL570-55999.txt”(跳过注释行),分别命名为df1和df2¶
可以使用pandas的read_csv函数读取文本文件,并使用skiprows参数跳过注释行。假设这两个文件与Python脚本在同一目录下,可以使用以下代码实现:
```
import pandas as pd
# 读取基因芯片文件
df1 = pd.read_csv('GSE83148_series_matrix.txt', skiprows=31, sep='\t')
df1 = df1.transpose() # 将数据框转置,使基因为列
# 读取平台文件
df2 = pd.read_csv('GPL570-55999.txt', skiprows=31, sep='\t')
```
这样就将“GSE83148_series_matrix.txt”基因芯片文件和平台“GPL570-55999.txt”读入了两个数据框df1和df2中,其中df1为转置后的基因芯片数据框。
(1)读取“GSE83148_series_matrix.txt”基因芯片文件和平台“GPL570-55999.txt”(跳过注释行),分别命名为df1和df2¶
好的,以下是读取和命名的代码:
```python
import pandas as pd
# 读取基因芯片文件
df1 = pd.read_csv("GSE83148_series_matrix.txt", sep="\t", skiprows=69)
# 读取平台文件
df2 = pd.read_csv("GPL570-55999.txt", sep="\t", comment="#")
```
其中,基因芯片文件需要跳过前面的注释行,所以使用`skiprows`参数来跳过这些行;平台文件中以`#`开头的行是注释行,使用`comment`参数来跳过这些行。
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